查驗機構執行查驗作業時，應遵行下列規定：
一、依中央主管機關核可之查驗作業計畫書及指派人員清冊登錄之查驗人員執行查驗作業，其中至少一名查驗人員具備該許可查驗類別之查驗項目資格。
二、查驗機構執行查證時，應以事業溫室氣體盤查報告書所載總排放量百分之五為定量實質性門檻，並規劃符合合理保證等級之查驗計畫。查證作業不得連續六年由同一主導查驗員執行。但更換查驗員確有困難，經事業檢具證明文件向中央主管機關提出，並經中央主管機關同意者，不在此限。
三、依規劃之查驗計畫執行現場查驗作業，並將過程詳實記錄。
四、完成查驗作業後，將查驗結果送請非參與該案且為人員清冊登錄之主導查驗員進行內部技術審查作成查驗總結報告，查驗總結報告應正確表達查驗結果。
五、執行查驗作業之查驗人員及前款審查人員，應共同簽署查驗總結報告。
六、依中央主管機關指定格式，至指定資訊平台，辦理下列事項：
（一）執行現場查驗作業七日前，上傳預定行程及查驗人員資料。
（二）完成內部技術審查後十五日內，上傳實際行程、查驗人員資料、查驗結果、內部技術審查日期及查驗總結報告。
（三）確認受查驗者上傳相關資料之正確性。
（四）每年二月二十八日前提報前一年查驗項目之案件數量與營業額及人員訓練紀錄。
七、執行組織型查驗作業之相關紀錄應至少保存六年，專案型查驗作業之相關紀錄應至少保存至專案計入期結束後六年。
八、其他經中央主管機關規定事項。

前項第七款之查驗作業相關紀錄應包含以下內容：
一、獨立性、公正性或利益衝突評估紀錄。
二、查驗作業各階段查驗紀錄，包含確證及查證發現及相關實質與非實質差異之佐證資訊。
三、決定查驗結果之相關紀錄。
四、溫室氣體查驗總結報告。
五、內部技術審查相關紀錄。
六、簽發之聲明或意見。

未依前二項規定執行之查驗業務，中央主管機關得不予認可。