查驗機構應於查驗作業前評估查驗作業具獨立性與公正性。

查驗機構或查驗人員有下列情況之一，即違反獨立性與公正性，該查驗結果中央主管機關得不予認可：
一、查驗機構或查驗人員曾參與該查驗案件之合作協議或顧問服務。
二、查驗機構或查驗人員在過去三年間，曾輔導該事業執行溫室氣體排放量盤查、自願減量專案、抵換專案或協助建置溫室氣體管理系統。
三、查驗人員過去三年曾受聘於該事業。
四、查驗人員於查驗案件結案後一年內受聘於該事業並擔任有給職之職位。
五、查驗機構或查驗人員與事業之間有確證、查證行為以外的密切商業行為。

查驗機構執行查驗作業時，應遵行下列規定：
一、依中央主管機關核可之查驗作業計畫書及指派人員清冊登錄之查驗人員執行查驗作業，其中至少一名查驗人員具備該許可查驗類別之查驗項目資格。
二、查驗機構執行查證時，應以事業溫室氣體盤查報告書所載總排放量百分之五為定量實質性門檻，並規劃符合合理保證等級之查驗計畫。查證作業不得連續六年由同一主導查驗員執行。但更換查驗員確有困難，經事業檢具證明文件向中央主管機關提出，並經中央主管機關同意者，不在此限。
三、依規劃之查驗計畫執行現場查驗作業，並將過程詳實記錄。
四、完成查驗作業後，將查驗結果送請非參與該案且為人員清冊登錄之主導查驗員進行內部技術審查作成查驗總結報告，查驗總結報告應正確表達查驗結果。
五、執行查驗作業之查驗人員及前款審查人員，應共同簽署查驗總結報告。
六、依中央主管機關指定格式，至指定資訊平台，辦理下列事項：
（一）執行現場查驗作業七日前，上傳預定行程及查驗人員資料。
（二）完成內部技術審查後十五日內，上傳實際行程、查驗人員資料、查驗結果、內部技術審查日期及查驗總結報告。
（三）確認受查驗者上傳相關資料之正確性。
（四）每年二月二十八日前提報前一年查驗項目之案件數量與營業額及人員訓練紀錄。
七、執行組織型查驗作業之相關紀錄應至少保存六年，專案型查驗作業之相關紀錄應至少保存至專案計入期結束後六年。
八、其他經中央主管機關規定事項。

前項第七款之查驗作業相關紀錄應包含以下內容：
一、獨立性、公正性或利益衝突評估紀錄。
二、查驗作業各階段查驗紀錄，包含確證及查證發現及相關實質與非實質差異之佐證資訊。
三、決定查驗結果之相關紀錄。
四、溫室氣體查驗總結報告。
五、內部技術審查相關紀錄。
六、簽發之聲明或意見。

未依前二項規定執行之查驗業務，中央主管機關得不予認可。

查驗機構就其經中央主管機關許可之查驗項目，每年應至少執行一件案件。

未符合前項規定者應於當年年底前辦理至少十六小時與該查驗項目有關之訓練課程。

中央主管機關得令查驗機構指派適當之查驗人員接受在職訓練，查驗機構不得拒絕；經中央主管機關指定參加在職訓練之查驗人員，亦同。

參加前項在職訓練之查驗人員，應完成訓練取得合格證明。

登載於人員清冊之查驗人員每年應至少執行一件全程查驗案件。

未符合前項規定者，應於當年年底前完成至少八小時與溫室氣體查驗相關標準或技術之訓練課程。

前項訓練課程時數得與前條在職訓練時數合併計算。

查驗機構變更查驗作業計畫書之人員配置與職掌、查驗作業依據、品質保證程序、查驗程序及方法、查驗結果之審查及決定、查驗人員、內部技術審查人員及技術專家資格規定、公正性與利益衝突迴避之評估及落實方式，應於事實發生前，依中央主管機關指定格式，上傳查驗作業計畫書及修正前後對照表至指定資訊平台，並檢具申請書向中央主管機關提出申請。

查驗機構變更組織編制，應於完成變更後三十日內為之。

中央主管機關得不定期派員攜帶證明文件，進入查驗機構或查驗現場，進行書面或現場稽查工作，並命其提供有關資料。

查驗人員有下列情形之一，中央主管機關得令查驗機構於人員清冊刪除之：
一、學經歷、查驗項目實績、訓練合格等證明文件虛偽不實。
二、違反第二十九條，且經中央主管機關通知限期補正，屆期未補正者。
三、其他違反本辦法規定且經中央主管機關認定情節重大。

經中央主管機關依前項第一款、第三款規定，令查驗機構於人員清冊刪除之查驗人員，三年內不得登錄於查驗機構之人員清冊。

查驗機構有下列情事之一者，中央主管機關依本法第四十九條第二項規定辦理：
一、未依第十四條取得許可證逕行辦理查驗。
二、未依第二十一條於期限內補足員額且未停止查驗業務。
三、違反第二十六條第一項第一款至第三款或第三十條第一項規定。
四、違反第二十六條第一項第四款、第五款或第七款規定。
五、違反第二十六條第一項第六款第四目規定。
六、違反第二十七條、第二十八條或第三十一條規定。
七、違反第十九條、第二十條第二款、第三款、第二十六條第一項第六款第一目至第三目或第三十條第二項規定，一年內累計達三次。