海洋污染防治基金應專供全國海洋污染防治與應變措施、清除、處理及其他有關海洋污染防治工作之用，其用途如下：
一、發生污染海洋或有污染海洋之虞時，各有關機關採取應變措施、清除及處理所需費用。
二、海洋污染發生時，執行海洋環境品質監測及損害調查所需費用。
三、購置海洋污染防治及應變設備、資材之費用。
四、各有關機關依本法求償及涉訟之費用。
五、執行海洋污染防治及收費工作所需人員之聘僱。
六、補助與獎勵海洋污染防治研究及技術開發。
七、其他與海洋污染防治工作有關之支出。