中央主管機關應視海域狀況，訂定海域環境分類及海洋環境品質標準。

為維護海洋環境或應目的事業主管機關對特殊海域環境之需求，中央主管機關得依海域環境分類、海洋環境品質標準及海域環境特質，劃定海洋管制區，訂定海洋環境管制標準，並據以訂定分區執行計畫及污染管制措施後，公告實施。

前項污染管制措施，包括污染排放、使用毒品、藥品捕殺水生物及其他中央主管機關公告禁止造成海洋污染之行為。

主管機關應依海域環境分類，就其所轄海域設置海域環境監測站或設施，定期公布監測結果，並採取適當防治措施；必要時，各目的事業主管機關並得公告限制海域之使用。

對主管機關依前項設置之監測站或設施，不得干擾或毀損。

各類港口管理機關及事業機構應評估所轄港區使用狀況，辦理港區水質及底泥檢測，並依本法及其他相關規定採取措施，以防止、排除或減輕港區之污染；必要時，直轄市、縣（市）主管機關及相關機關應配合共同採取適當防治措施。

各類港口目的事業主管機關應輔導所轄港區之污染改善。

第一項海域環境監測項目、監測站或設施設置基準、採樣分析方法、第三項各類港口之港區水質與底泥檢測及其他相關事項之辦法，由中央主管機關會商各目的事業主管機關定之。

為處理重大海洋污染事件，行政院得設重大海洋污染事件處理專案小組；為處理一般海洋污染事件，中央主管機關得設海洋污染事件處理工作小組。

為處理重大海洋污染緊急事件，中央主管機關應擬訂重大海洋污染緊急應變計畫，報請行政院核定之；為處理管轄範圍內之海洋污染緊急事件，直轄市、縣（市）主管機關應訂定海洋污染緊急應變計畫，報請中央主管機關備查。

前項緊急應變計畫，應包含分工、通報系統、監測系統、訓練、設施、處理措施及其他相關事項。

中央主管機關應向下列對象徵收海洋污染防治費：
一、經中央主管機關許可從事海洋棄置者。
二、在我國潮間帶、內水、領海範圍內接收、運輸原油或其他經中央主管機關公告指定物質之進口業者。
三、從事海域工程或利用海洋設施達中央主管機關公告之規模者。

前項海洋污染防治費之徵收時間、徵收項目、徵收費率、徵收對象、徵收方式、繳納期限、減免及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關會商有關機關定之。

中央主管機關得設置海洋污染防治基金；其基金來源如下：
一、海洋污染防治費。
二、各有關機關依本法求償採取應變措施、清除及處理所生費用歸墊之收入。
三、基金孳息收入。
四、其他有關收入。

海洋污染防治基金應專供全國海洋污染防治與應變措施、清除、處理及其他有關海洋污染防治工作之用，其用途如下：
一、發生污染海洋或有污染海洋之虞時，各有關機關採取應變措施、清除及處理所需費用。
二、海洋污染發生時，執行海洋環境品質監測及損害調查所需費用。
三、購置海洋污染防治及應變設備、資材之費用。
四、各有關機關依本法求償及涉訟之費用。
五、執行海洋污染防治及收費工作所需人員之聘僱。
六、補助與獎勵海洋污染防治研究及技術開發。
七、其他與海洋污染防治工作有關之支出。

與第二條第一項所定水域相連之陸域及海洋以外地面水體，其轄管機關應採取措施，以防止、排除或減輕廢棄物污染海洋。

從事油輸送、海域工程、海洋棄置或其他可能造成海洋污染之行為達中央主管機關公告之規模者，應先提出足以預防及處理海洋污染之緊急應變計畫及賠償污染損害之財務保證書或責任保險單，經中央主管機關許可後，始得為之。

前項緊急應變計畫之內容，由中央主管機關定之。

第一項財務保證書之保證額度或責任保險單之賠償責任限額，由中央主管機關會商金融監督管理委員會定之。

主管機關於海洋發生緊急污染事件時，得要求第一項之業者或其他海洋相關事業，提供污染處理設備、專業技術人員協助處理，所需費用由污染行為人負擔；必要時，得由海洋污染防治基金代為支應，再向污染行為人求償。

海洋污染應由污染行為人負責清除之。必要時，目的事業主管機關或主管機關得逕行採取應變措施、清除及處理；其因應變措施、清除及處理所生費用，由污染行為人負擔。

因下列各款情形之一造成海洋污染者，不予處罰：
一、為緊急避難或確保船舶、航空器、海堤或其他重大工程設施安全。
二、為維護國防安全或因天然災害、戰爭或依法令之行為。
三、為防止、排除或減輕污染、保護環境或為特殊研究需要，經中央主管機關同意。

第一項海洋污染清除、處理之方法、方式及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關定之。

各目的事業主管機關應查核經許可於第二條第一項所定範圍內投設、敷設或佈放之各類海洋設施、漁業設施及其他人工構造物，並要求訂定、執行除役計畫。

各目的事業主管機關對許可期限屆滿未依前項除役計畫執行者，或主管機關對未經許可而為前項行為者，得限期令其改善；屆期未改善者，該設施或人工構造物視為海洋廢棄物，並得代為清除、處理，所生費用由所有人負擔。

前項所有人不明或無法通知者，以公告方式為之。