港口管理機關或執行機關於必要時，得會同主管機關查驗船舶之海洋污染防止證明書或證明文件、船上污染應急程序、操作手冊、油、貨紀錄簿、員工生活垃圾紀錄簿及其他經各該機關指定之文件；受檢者不得規避、妨礙或拒絕。

船舶之廢（污）水、油、廢棄物或其他污染物質，除依規定得排洩於海洋者外，應留存船上、排洩於岸上收受設施，並依廢棄物清理法等相關法規規定清除、處理。

各類港口管理機關及事業機構應視管理需求設置前項污染物之收受設施及為必要之處理，並得收取處理費用；其收費標準，由港口管理機關及事業機構擬訂，報請目的事業主管機關核定之。

各類港口管理機關及事業機構對所轄港口收受及處理污染物之數量，應分別作成紀錄及保存，並於每年四月十五日前，向中央主管機關申報前一年度紀錄。

船舶應設置防止污染設備，並不得污染海洋。

船舶裝卸或載運油、化學品及其他可能造成海洋污染之貨物，應採取適當防制排洩措施。

船舶之建造、修理、拆解、打撈、清艙及船身清洗，致污染海洋或有污染海洋之虞者，應採取下列措施，並清除污染物質：
一、於施工區域周圍水面，設置適當之攔除浮油設備。
二、於施工區內，備置適當廢油、廢（污）水、廢棄物及有害物質收受設施。
三、防止油、廢油、廢（污）水、廢棄物、殘餘物及有害物質排洩於海洋。
四、其他經中央主管機關指定之措施。

因發生海難或其他意外事件，致污染海洋或有污染海洋之虞時，船長及船舶所有人應即採取措施以防止、排除或減輕污染，並即通知航政機關、港口管理機關、事業機構及直轄市、縣（市）主管機關。

前項情形，主管機關得命船長及船舶所有人採取必要之應變措施，必要時，主管機關並得逕行採取應變措施、清除及處理；其因應變措施、清除及處理所生費用，由該船舶所有人負擔。

未在我國依法設立分公司之外國籍船舶運送業，其船舶違反本法而經處罰鍰者，於繳清罰鍰或提供足額擔保前，主管機關得命該船舶泊靠我國港口，禁止其航行、開航或要求移航；開航後，復駛入我國領海者，亦同。

前項情形，港口管理機關、事業機構應協助規劃船席、泊靠船席及限制該船舶出港；必要時，主管機關得要求執行機關強制其泊靠至指定席位。