本辦法依據海洋污染防治法（以下簡稱本法）第九條第三項規定訂定之。

海域環境監測站應擇定於下列地點設置：
一、主、次要河川入海口。
二、重要污染源流入點。
三、港灣、潟湖。
四、本法第十五條第一項所定之區域。
五、一般海域水質之背景點。
六、其他經中央主管機關指定之位置。

海域環境監測項目應依污染源類別或海域特性，按下列方式辦理：
一、應監測項目：
（一）海域水文：流速、流向、水溫。
（二）海域水質：鹽度、氫離子濃度指數（pH）、溶氧量（DO）、懸浮固體（SS）。
（三）其他經中央主管機關指定之項目。
二、選擇監測項目：
（一）海域水文：波高、波向、波浪週期。
（二）海域水質：水中光強度、葉綠素ａ、大腸桿菌群、重金屬、營養鹽（硝酸鹽、亞硝酸鹽、氨氮、磷酸鹽、矽酸鹽）。
（三）海域生物：浮游生物（動物性浮游生物與植物性浮游生物）、底棲生物。

海域環境監測頻率以每季一次為原則。但發生海上重大污染時，應依中央主管機關指定之頻率辦理。

海域環境水質與海域環境生物採樣、樣品保存及檢驗分析方法，應依中央主管機關公告之方法為之。

本辦法自發布日施行。