中央主管機關之主管事項如下：
一、全國性環境用藥管理政策、方案與計畫之策劃、訂定及督導執行事項。
二、全國性環境用藥管理法規之執行、訂定、研議及釋示事項。
三、環境用藥管理之研究發展及宣導事項。
四、全國性環境用藥管理人員之訓練及管理事項。
五、全國性環境用藥管理業務之督導事項。
六、全國性環境用藥管理之協調或執行事項。
七、環境用藥管理之國際合作及科技交流事項。
八、其他有關全國性環境用藥管理事項。