本辦法依環境用藥管理法第二十九條規定訂定之。

本辦法所稱生態、水源等保育或保護區如下：
一、依野生動物保育法所劃定之野生動物保護區。
二、依森林法所設置之自然保護區。
三、依國家公園法所劃定公告之國家公園生態保護區。
四、依自來水法所劃定公告之水質水量保護區。
五、依飲用水管理條例所公告之飲用水水源水質保護區。
六、依漁業法所設置之水產動植物繁殖保育區。
七、依文化資產保存法所指定公告之自然保留區。

於生態、水源等保育或保護區使用環境用藥微生物製劑其年使用量大於一百公斤（公升）者，應檢具下列文件或資料，向中央主管機關申請核准後始得為之：
一、使用人身分證明文件。
二、環境用藥微生物製劑施用計畫書，其內容應包括：
（一）環境用藥微生物製劑之許可證字號、名稱、有效成分含量、使用量及使用範圍面積。
（二）施用目的及預期效果。
（三）施用藥劑對保育或保護區植物、水生生物可能影響說明。
（四）施用時間。
（五）施用方法。
（六）施用時及施用後應注意事項。
（七）其他應注意事項。

依前條申請核准者，應於施用計畫結束後一個月內向當地直轄市、縣（市）主管機關報備施用紀錄。前條第二款之施用計畫書及前項之施用紀錄，應保存五年備查。

本辦法自發布日施行。