環境保護工程之開發，其污水下水道系統工程，應調查、預測、分析廢（污）水合流或分流排放對於承受水體水質、水量及生態之影響。承受水體為河川者，調查及評估期間應包括豐水期及枯水期。採海洋放流者，應說明海域生態及環境現況，並評估其影響範圍及程度，納入環境保護對策。水肥處理廠之評估，亦準用辦理。

廢棄物焚化（資源回收）廠及廢棄物處理場（廠）工程（含轉運站），應評估焚燒處理流程中以及儲存或掩埋或其他方式處理廢棄物產生臭味及滲出水之影響，其處理設施應妥善規劃。訂定廢棄物掩埋未能即日覆土或天候不良條件下之防制應變計畫。對於掩埋場封閉或使用期限屆滿後之復育計畫、土地利用計畫以及二次污染問題，應預為規劃且納入環境保護對策。

開發單位應妥善規劃廢棄物清運工具、運輸時段及運輸路線，預防廢棄物運送所引起之臭味、噪音、振動污染及交通影響。

開發單位規劃廢（污）水處理系統、廢棄物處理系統、轉運站或廢棄物焚化（資源回收）廠時，均應考慮未來其營運管理維護之實務問題，訂定營運管理計畫，其內容應包括左列各項：
一、處理系統產權之歸屬與移轉。
二、管理組織及專責單位或人員之設立方式。
三、營運操作管理之財源籌措。
四、管理組織之權責分工及管理方式。
五、試運轉方式。