本部處理公務為下列四層：
一、第一層為審計長、副審計長。重要案件由審計長核定，次要案件由副審計長代為核定。
二、第二層為審計官、各單位主管及副主管。
三、第三層為科長、組長、秘書。
四、第四層為股長、承辦人員。