本部處理公務實施分層負責制度，逐層授權決定，其分層負責明細表另定之。

本部處理公務為下列四層：
一、第一層為審計長、副審計長。重要案件由審計長核定，次要案件由副審計長代為核定。
二、第二層為審計官、各單位主管及副主管。
三、第三層為科長、組長、秘書。
四、第四層為股長、承辦人員。

本部處理公務，第一層副審計長對審計長負責；第二層審計官、各單位主管對第一層負責，副主管對各該主管負責；第三層科長、組長、秘書對第二層負責；第四層股長、承辦人員對第三層負責。

各層負責人員奉准差、假不能執行職務時，應指定或委託適當人員代理，代理人就代理職務負其責任。<br />

各層負責人員依其職掌範圍處理公務，其權限如下：
一、對該管公務有依據法令規定處理之權。
二、對已授權事項有決定或代行之權。
三、對所屬人員有指揮監督及考核之權。
四、對該管公務之處理，有斟酌輕重緩急統籌分配調度之權。
五、對應經其審核、核定或判行之文件，有審核其內容及刪改文字之權。
六、對本部全般公務有建議之權。

各層負責人員依其職掌範圍處理公務，其責任如下：
一、對該管公務負策劃推行及研究發展之責。
二、對該管公務負有與部內各單位密切聯繫協調之責。
三、對該管公務之處理及其應辦之文件，負依限完成與稽催清結之責。
四、對該管公務就其所屬人員之陳述或請示，負有裁決、指示或轉陳之責。
五、對擬辦或應經其審核之文件，所引用法令、列舉數字或敘事用語，負正確妥適之責。
六、對擬辦、審核或核定之機密文件，負保守機密之責。

各層負責人員處理該管公務，未盡應有之注意，所負之責任如下：
一、授權決定處理之事項或代行之部稿，如有錯誤或逾越權限者，應負法律上或行政上一切責任。
二、法規制度或方案擬訂錯誤，由撰擬或審查人員負責。
三、公文程式及引用人名、地名、日期、數字錯誤或遺漏，由擬辦人員負責，審核人員連帶負責。
四、引用法令條文、例案錯誤，或前後案件矛盾者，由擬辦人員負責，審核人員連帶負責。
五、審計、會計、統計書表科目、數字或編製方法錯誤，由製表人員負責，審核人員連帶負責。
六、根據審核、抽（調）查、稽察報告處理之事件，如事實錯誤，由製作報告人員負責。
七、處理錯誤或失當文件，如與會辦單位有關者，會辦、主辦人員連帶負責。
八、已繕發文件書表文字或數字打繕錯誤、遺漏或稽延，由打繕、校對人員連帶負責。
九、文書收發、登記、送達、監印、歸檔之錯誤、遺漏或稽延，由各該經管人員負責。
十、無正當理由積壓文件而致延誤者，由承辦人員負責，經長官提示注意而主管人員不嚴加督促者，連帶負責。
十一、各單位會簽會辦之文件，其公文時效，由主、會辦單位經辦人員負責。
十二、文卷、款項、物品等如有錯誤、遺失或損毀，由各該經管人員負責，但因不可抗力以致損失者，不在此限。
十三、應守機密之事項而洩密者，由經辦人員及洩密者負責，關係重大者，各級主管連帶負責。
十四、其他未盡事項，依職掌及有關法令之規定分別負責。

審計人員在外執行審計稽察職務者，各就其承辦事務負責，其權責準用各層負責人員之規定。

本部對外公文，以本部名義行之。但各單位就其主管事務，遇有補送或發還資料，或待查詢等事項，得以其單位名義行之。