院務會議由院長、副院長、研究所所長、研究所籌備處主任、研究中心主任、學術諮詢總會執行秘書、秘書長及本院二十一位編制內研究人員（以下簡稱研究人員）代表組成。

前項研究人員代表分為數理科學組、生命科學組、人文及社會科學組三組，每組七人。

院務會議研究人員代表產生方式，由本院各研究所、研究所籌備處、研究中心自行經民主程序推舉候選人一名，研究人員亦得自由報名成為該組選任代表候選人。經該組全體研究人員以限制連記法投票方式（連記二人）選舉產生。得票較多者當選；票數相同者，以抽籤方式決定。

各組研究人員代表選足名額後，其他得票之候選人，按票數多寡依次為候補人；研究人員代表出缺時，由同組候補人依次遞補。

研究人員代表任期二年，連選得連任一次。

下列人員有院務會議研究人員代表之選舉及被選舉資格：
一、本院編制內專任研究人員，於前一年度十二月三十一日前完成報到程序，且尚在聘期中者。
二、本院與其他單位合聘，在本院支薪者。
三、年度中奉准休假進修，未出國者。

下列人員無院務會議研究人員代表之選舉資格，但有被選舉資格：
一、本院與其他單位合聘不在本院支薪，將來擔任被選舉職務時在本院支薪者。
二、經其他單位（含公民營企業）借調，不在本院支薪，將來擔任被選舉職務時已歸建者。
三、奉准出國，將來擔任被選舉職務時已返回國內者。

院務會議研究人員代表於任期中因故離職、借調其他單位或出國達半年以上者，應即喪失資格。

院務會議以院長為主席，院長因故不能出席時，指定副院長一人代理之。

院務會議議定下列法規：
一、本院處務規程。
二、研究人員新聘、續聘、升等及特聘審議作業要點。
三、各項明定需經院務會議通過之法規。

院務會議審議或核備下列事項：
一、本院組織法及各項組織規程修正之初審。
二、研究所及研究中心之設立、組織及興革事宜之初審。
三、研究所、研究所籌備處、研究中心所屬館、室、技術中心、研究站及專題中心之設立。
四、特聘研究員擬聘案之核備。
五、本院助研究員以上研究人員資格之核備。
六、因院務會議業務需要而設立之各種委員會。
七、影響全院人員權益之重要事項。
八、院長交議事項。

院務會議以三個月開會一次為原則。必要時得召開臨時會。

院務會議議案除各行政單位依相關規定提案外，其他提案須經應出席人員至少十分之一連署，並於開會前十四日送秘書處列入議程；臨時提案須經應出席人員至少五分之一連署。

院務會議開會時，須有應出席人員過半數出席。

研究人員代表因故無法出席時，得以書面委託院務會議其他研究人員代表出席；行政主管得委託職務代理人代表之。每一受委託人員同時只能代表一人。

一般議案之通過，須有出席人員過半數之同意。討論研究人員資格案時，職級低於受審議人職級之研究人員代表應迴避。

院務會議一切議決案，須經院長核准施行。