智慧財產及商業法院院長監督該法院及其分院。

院長綜理全院行政事務，其處理院內事務得發布命令。

下列事項由院長處理或核定之：
一、年度計畫之決定、變更、執行及考核。
二、公設辯護人辯護書類之核閱、初任司法事務官書類之審閱。
三、重要行政文稿函件之核判。
四、庭數之擬議及一般人事配置之核定。
五、編制概算及預算案之提示。
六、各單位工作之監督指導及考核。
七、上級機關重要行政命令執行之監督考核。
八、人民陳訴事件之處理。
九、職員之任免、獎懲、監督及考核。
十、主持年終會議及其他重要會議或活動。
十一、向上級或有關機關建議或報告事項之核定。
十二、其他有關院務之處理。

智慧財產及商業法院院長對於該法院及其分院民、刑事案件、行政訴訟、強制執行、非訟事件及其他法律規定之案件，應隨時考查其進行情形，並注意其辦案期限

有關行政事務之處理或法律見解之溝通，院長為徵詢意見，得召集有關職員舉行會議。

智慧財產及商業法院院長得視該法院及其分院事務之增減及業務之需要，擬具年度概算，報請司法院核辦。

院長因故不能執行職務時，由資深庭長或院長指定之庭長代行其職務，並陳報司法院。

院長為謀審判業務及行政事務之改進，得指定人員從事研究、設計、審核等事項。