本辦法依濕地保育法（以下簡稱本法）第二十四條第二項規定訂定之。

土地所有權人、經營人、使用人或權利關係人因主管機關執行本法第二十四條第一項所定濕地業務致受有損失者，得檢具申請書及下列文件，向主管機關申請補償：
一、身分證明文件。委託他人申請者，應附委託書、受任人身分證明文件。
二、土地所有權或使用權利證明文件影本。
三、受損事證。
四、其他相關文件。

前項第一款之身分證明文件如下：
一、自然人：國民身分證或其他身分證明文件影本。
二、法人：法人設立或變更登記證明文件及其代表人資格證明影本。
三、非法人團體：主管機關立案、核定或備查文件影本。

主管機關同一行為造成土地所有權人、經營人、使用人、權利關係人二人以上受有損失者，應協議由其中一人代表申請，並不得重複申請。

主管機關受理申請後，應於三十日內完成審查，經審查須予補正者，應通知申請人於接獲通知書之日起三個月內補正。屆期未補正或補正仍不符規定、重複申請或申請顯無理由者，駁回其申請。

主管機關辦理前條審查，必要時得邀集申請人及相關機關、團體至現場勘查。

主管機關經審查應予補償者，其補償金額由申請人及主管機關雙方協議之；協議不成立時，由主管機關組成之權益損失補償審議小組（以下簡稱補償審議小組）審議後提請主管機關首長核定之。

前項補償審議小組，由主管機關代表、學者、專家組成之，並由主管機關代表為召集人。必要時，得邀請相關機關、團體代表列席陳述意見。

前項學者及專家人數之比例不得少於總數之二分之一；審查成員任一性別比例不得少於三分之一。

主管機關必要時得委託專業法人或團體辦理補償金額查估及協助審議作業。

主管機關應於補償協議成立或核定後十五日內，以書面通知申請人領取補償金。但因實施本法第二十一條第四項濕地保育輔導轉作明智利用項目致有損失之申請補償案件，主管機關應查明確認已停止原使用情形後，始得核發補償金。

本辦法自本法施行之日施行。