海洋委員會海巡署為執行海域、海岸犯罪及安全調查事項，特設偵防分署（以下簡稱本分署）。

本分署掌理下列事項：
一、海域至海岸、河口、非通商口岸查緝走私、防止非法入出國與其他犯罪調查之規劃、督導及執行。
二、公海上對中華民國船舶或依國際協定得登檢之外國船舶犯罪調查之規劃、督導及執行。
三、防制滲透與安全情報蒐集之督導、調查及處理。
四、國際、兩岸、跨轄區偵防業務與重大案件之協調、調查及處理。
五、刑事鑑識、科技研發、資訊業務之規劃、督導、協調與相關裝備之建置、運用及管理。
六、偵防案件之紀錄、蒐集、處理、分析、運用與相關業務工作之規劃、督導、考核及執行。
七、海域與海岸反恐怖活動、反劫持、救難、災害救助與空勤吊掛相關業務之規劃、督導、考核及執行。
八、其他有關偵防事項。

本分署置分署長一人，職務列簡任第十一職等至第十二職等或警監或少將；副分署長二人，職務列簡任第十職等至第十一職等或警監或少將、上校。

本分署置主任秘書，職務列薦任第九職等至簡任第十職等或警正至警監或上校、中校。

本分署各職稱之官等（階）職等及員額，另以編制表定之。

各職稱之官等職等，依職務列等表之規定。

本分署人員之任用、管理及權利義務，依各該人員身分適用之相關法令辦理。

本分署為應任務需要，得設軍職單位或職務。

本規程自中華民國一百零七年四月二十八日施行。