本法有關登記、稽徵、免稅及退稅事項之規則，由財政部定之。

本法中華民國一百零六年四月二十一日修正之條文施行後，依第七條規定應徵稅額課徵之菸酒稅，屬應徵稅額超過每千支（每公斤）新臺幣五百九十元至一千五百九十元之稅課收入，撥入依長期照顧服務法設置之特種基金，用於長期照顧服務支出，不適用財政收支劃分法之規定。

本法施行前專賣之米酒，應依原專賣價格出售。超過原專賣價格出售者，按超過原專賣價格之金額，處一倍至三倍罰鍰。

菸品依菸害防制法規定應徵之健康福利捐，由菸酒稅稽徵機關於徵收菸酒稅時代徵之。

第三條至第六條及第三章關於菸酒稅徵收、納稅義務人、免稅、退稅及稽徵之規定，於菸品健康福利捐準用之。

本法施行日期，由行政院定之。

本法修正條文，除中華民國九十一年六月十二日修正公布之條文及一百零六年五月二十六日修正之條文自公布日施行外，其施行日期由行政院定之。