各項會計憑證，除為權責存在或應予永久保存者，應另行保管外，應依事項發生之時序或按其事項之種類，依次編號黏貼或裝訂成冊。其給與他人之憑證，如有誤寫或收回作廢者，應黏附於原號存根或副本之上。

依第二十一條第一項及第三項規定以媒體儲存之原始憑證，應於記帳憑證載明憑證字軌號碼，不適用前項規定。

非使用電子方式處理會計資料之買受人取得電子發票，該買受人得自整合服務平台下載列印憑證，依第一項規定辦理。<br />

營利事業之帳簿憑證，除為緊急避免不可抗力災害損失、或有關機關因公調閱或送交合格會計師查核簽證外，應留置於營業場所，以備主管稽徵機關隨時查核。

營利事業設置之帳簿，除有關未結會計事項者外，應於會計年度決算程序辦理終了後，至少保存十年。但因不可抗力之災害而毀損或滅失，報經主管稽徵機關查明屬實者，不在此限。

前項帳簿，於當年度營利事業所得稅結算申報經主管稽徵機關調查核定後，除有關未結會計事項者外，得報經主管稽徵機關核准後，以電子方式儲存媒體，按序儲存後依前項規定年限保存，其帳簿得予銷毀。

公開發行公司、金融控股公司、證券業、期貨業、銀行業、票券金融業、信託業、保險業及其子公司設置之帳簿依第九條規定使用電子方式處理，並按第一項規定年限保存者，其紙本得予銷毀，不適用前項規定。

營利事業之各項會計憑證，除應永久保存或有關未結會計事項者外，應於會計年度決算程序辦理終了後，至少保存五年。

前項會計憑證，於當年度營利事業所得稅結算申報經主管稽徵機關調查核定後，除應永久保存或有關未結會計事項者外，得報經主管稽徵機關核准後，以電子方式儲存媒體，將會計憑證按序儲存後依前項規定年限保存，其原始憑證得予銷毀。

公開發行公司、金融控股公司、證券業、期貨業、銀行業、票券金融業、信託業、保險業及其子公司之各項會計憑證依第九條規定使用電子方式處理，並按第一項規定年限保存者，其紙本得予銷毀，不適用前項規定。

因合併而消滅之營利事業，其帳簿憑證及會計紀錄之保管，應由合併後存續或另立之營利事業負責辦理。

因分割而消滅之營利事業，其帳簿憑證及會計紀錄之保管，應由受讓營業之出資範圍最高之既存或新設之營利事業負責辦理。但經協議保管人者，從其協議。

主管稽徵機關或財政部指定之調查人員依法進行調查時，營利事業應在規定時間內提示有關各種證明銷售額及營利事業所得額之帳簿憑證。

營利事業之會計帳簿憑證採下列方式處理並儲存於媒體者，得以該部分電子檔案送交調查：
一、依商業會計法第四十條及商業使用電子方式處理會計資料辦法規定，使用電子方式處理及儲存於媒體之會計帳簿、憑證。
二、依第二十一條第一項規定，以網際網路或其他電子方式開立、傳輸或接收之原始憑證。
三、依第二十一條第三項規定，載明必要交易紀錄及身分識別資料之原始憑證。
四、依第二十六條第二項或第二十七條第二項規定，以電子方式儲存於媒體之帳簿或會計憑證。

前項提示之電子檔案，主管稽徵機關或財政部指定之調查人員無法讀取或內容無法完整呈現者，營利事業仍應負責列印或提供帳簿、憑證或有關文件，以供查核。<br />