他方締約國之居住者取得所得稅協定規定中華民國得課徵所得稅之所得，除其適用之所得稅協定、本準則及相關法令另有規定外，其稽徵程序應依所得稅法、所得基本稅額條例及相關法令規定辦理。

中華民國之居住者依雙方締約國稅法規定同為雙方締約國之居住者，且依適用之所得稅協定規定判定適用協定唯一居住者身分為他方締約國之居住者，其於中華民國課徵所得稅適用之稽徵程序，依原適用之中華民國稅法有關規定辦理，不受前述協定判定之影響。

他方締約國之企業在中華民國境內之常設機構非屬所得稅法第十條規定之固定營業場所或營業代理人者，應依下列規定繳納其應納營利事業所得稅：
一、取得屬所得稅法第八十八條規定扣繳範圍之所得者，應先由扣繳義務人於給付時，按規定之扣繳率辦理扣繳。其委託在中華民國境內居住之個人或有固定營業場所之營利事業為代理人，負責代理申報者，得向扣繳義務人所在地之稅捐稽徵機關申請減除相關成本、費用，並得依所得稅法規定，將前開已扣繳稅款自其應納稅額中減除。
二、取得非屬所得稅法第八十八條規定扣繳範圍之所得者，他方締約國之企業得委託在中華民國境內居住之個人或有固定營業場所之營利事業為代理人，負責代理申報，向代理人所在地之稅捐稽徵機關申請減除相關成本、費用。
三、依前二款規定申請減除相關成本、費用者，應備妥相關帳簿、文據、會計師查核簽證報告、移轉訂價文據，以供稅捐稽徵機關查核。

他方締約國之居住者配偶如為中華民國境內居住之個人，該他方締約國之居住者取得中華民國來源之股利、利息、權利金及技術服務費，得依所得稅協定規定之上限稅率及第二十五條規定扣繳，不適用所得稅法第十五條合併申報規定。

他方締約國之居住者取得屬所得稅法第八十八條規定扣繳範圍之所得，已依各類所得扣繳率標準課稅者，得由所得人或扣繳義務人自繳納之日起五年內，檢附第二十三條、第二十四條、第二十五條、第二十六條或第二十七條規定之證明文件及扣繳憑單，向原受理扣繳申報之稅捐稽徵機關辦理退還溢繳稅款，或按扣繳義務人所在地之轄區國稅局別，彙總其截至申請退稅前於各該局轄區內已扣繳之稅款及依所得稅協定應扣繳之稅款，計算其溢繳稅款之總數，向各該轄區國稅局（總局）彙總申請退還溢繳稅款。

他方締約國之居住者取得非屬所得稅法第八十八條規定扣繳範圍之所得，已依所得稅法規定申報納稅者，得自繳納之日起五年內，檢附第二十三條、第二十四條、第二十六條或第二十七條規定之證明文件、申報書及繳款書正本，向受理申報之稅捐稽徵機關辦理退還溢繳稅款。

前二項溢繳稅款得由所得人或扣繳義務人委由在中華民國境內居住之個人或有固定營業場所之營利事業辦理。

他方締約國之居住者取得屬所得稅法第八十八條規定扣繳範圍之所得，因適用法令錯誤或計算錯誤短繳或溢退之稅款，得分別向扣繳義務人所在地之轄區國稅局（總局）彙總補稅。