稅捐稽徵機關或財政部賦稅署指定之調查人員依本準則規定調查或審核案件，依適用之所得稅協定規定得與他方締約國主管機關相互協議或磋商，認有洽商他方締約國意見必要者，應敘明中、英文理由及相關事實，函請中華民國主管機關審查後洽他方締約國主管機關相互協議或磋商。

依所得稅協定相互協議程序之規定，所得稅協定規定之人就他方締約國或雙方締約國之課稅不符合所得稅協定之情形，得依規定提出相互協議程序申請者，其提出申請之程序，及中華民國主管機關受理該項申請、據以與他方締約國主管機關進行相互協議程序或受理他方締約國主管機關依適用之所得稅協定提出相互協議程序請求案件之事宜，由財政部定之。

稅捐稽徵機關依第三十八條規定核給居住者證明後，應將申請人所取得他方締約國相關所得資料建檔，並於每年底彙送財政部財政資訊中心歸戶運用。

依第二十三條至第二十七條規定核准之案件，稅捐稽徵機關應予建檔，並於每年底彙送財政部財政資訊中心歸戶運用。

稅捐稽徵機關或財政部賦稅署指定之調查人員因查核業務需要，得依所得稅協定有關資訊交換條文、租稅協定稅務用途資訊交換作業辦法及其他相關規定，函請中華民國主管機關洽請他方締約國主管機關查證或提供相關資訊。

他方締約國主管機關依所得稅協定資訊交換條文，要求提供納稅義務人之財產、所得、營業及納稅等資料，應由中華民國主管機關依該協定資訊交換條文、租稅協定稅務用途資訊交換作業辦法及其他相關規定協助處理。