本辦法依境外資金匯回管理運用及課稅條例（以下簡稱本條例）第三條第二項、第五條第三項、第七條第六項後段及第八條第七項後段規定訂定之。
本條例第三條第一項第四款規定所稱具控制能力或重大影響力，指符合下列情形之一：
一、營利事業直接或間接持有境外轉投資事業股份或資本額百分之二十以上。
二、營利事業依財團法人中華民國會計研究發展基金會公開之企業會計準則公報或金融監督管理委員會認可之國際財務報導準則、國際會計準則及證券發行人財務報告編製準則規定，應將其境外轉投資事業納入該營利事業合併財務報表編製或採權益法處理該境外轉投資事業投資損益之情形。
個人匯回境外資金選擇依本條例規定課稅者，其經申請核准並於規定期間內匯回之境外資金，免依所得基本稅額條例第十二條第一項第一款、第六款規定及臺灣地區與大陸地區人民關係條例第二十四條第一項規定課徵基本稅額及綜合所得稅，且一經擇定不得變更。
前項個人境外資金已依來源地稅法規定繳納之所得稅，不適用所得基本稅額條例第十三條第一項及臺灣地區與大陸地區人民關係條例第二十四條第一項有關自應納稅額中扣抵之規定。
營利事業匯回境外轉投資收益選擇依本條例規定課稅者，其經申請核准並於規定期間內匯回之境外轉投資收益，免依所得稅法第三條第二項、臺灣地區與大陸地區人民關係條例第二十四條第一項、第二項及所得基本稅額條例第七條第一項第十款規定課徵營利事業所得稅及基本稅額，且一經擇定不得變更。
前項營利事業境外轉投資收益已依來源地稅法規定繳納之所得稅，不適用所得稅法第三條第二項及臺灣地區與大陸地區人民關係條例第二十四條第一項及第二項有關自應納稅額中扣抵之規定。
個人選擇依本條例規定課稅者，應於本條例施行之日起算二年內，檢附下列文件向戶籍所在地稽徵機關提出申請，逾期申請者，不予受理：
一、個人選擇適用本條例申請書。
二、個人身分證明文件。
三、受理銀行辦理洗錢防制及資恐防制作業所需文件。
營利事業選擇依本條例規定課稅者，應於本條例施行之日起算二年內，檢附下列文件向登記地稽徵機關提出申請，逾期申請者，不予受理：
一、營利事業選擇適用本條例申請書。
二、營利事業及境外轉投資事業設立登記資料。
三、營利事業對境外轉投資事業具控制能力或重大影響力證明文件、該境外轉投資事業最近一年度財務報表及股東會或董事會決議盈餘分配議事錄。
四、受理銀行辦理洗錢防制及資恐防制作業所需文件。
前項第三款境外轉投資事業最近一年度股東會或董事會決議盈餘分配議事錄，最遲應於稽徵機關核准文書發文之日起算一個月內補送，逾期補送者不適用本條例之規定。
第一項第一款及第二項第一款申請書之格式，由主管機關另定之。
第二項第二款及第三款之文件為英文以外之外文者，應附中文譯本。
稽徵機關受理個人及營利事業依前條規定提出申請後，應進行適用資格審查，並於受理之日起算三個工作日內，將前條第一項及第二項各款申請資料函送申請人指定受理銀行依洗錢防制法、資恐防制法及相關法令規定表示審查意見。
前項受理銀行應於申請資料送達之日起算七個工作日內，將審查意見以書面通知稽徵機關，並由稽徵機關於接獲通知之日起算三個工作日內，將適用資格審查結果併同受理銀行審查意見函復申請人。有下列情形之一者，應附具理由駁回其申請：
一、經稽徵機關審查不符合前條規定。
二、經受理銀行審查不符合洗錢及資恐防制相關規定。
三、其他不符合本條例或本辦法之規定。
前二項審查經稽徵機關或受理銀行認有應補正事項者，應分別由稽徵機關及受理銀行通知申請人於七個工作日內補正；其補正期間不計入所定審查期間。屆期未補正或補正不完全者，依前項規定駁回申請。
稽徵機關函復申請人時，應副知受理銀行、主管機關、金融監督管理委員會、經濟部及中央銀行。
個人及營利事業應於稽徵機關核准文書發文之日起算一個月內，向受理銀行辦理外匯存款專戶開戶及將境外資金或境外轉投資收益匯回存入該專戶，每一核准文書應個別開立專戶；未能於期限內匯回存入者，應於期限屆滿前向稽徵機關申請展延一次，展延期間以一個月為限。
前項境外資金及境外轉投資收益匯回存入外匯存款專戶時，應由受理銀行依匯回外幣金額按下列稅率代為扣取稅款，並以當日實際成交匯率結售為新臺幣金額，依第十二條規定向國庫繳納及辦理申報：
一、在本條例施行之日起算一年內申請且在核准期限內匯回存入者，稅率為百分之八。
二、在本條例施行滿一年之次日起算一年內申請且在核准期限內匯回存入者，稅率為百分之十。
個人及營利事業匯回存入外匯存款專戶之資金，於扣除前項稅款後，應依第七條至第十條規定管理運用。
第一項匯回存入外匯存款專戶之資金具二種以上幣別者，應按不同幣別依前二項規定扣取稅款及管理運用。
個人及營利事業於前條資金存入外匯存款專戶之日起算一年內，向經濟部申請並經核准投資產業或透過國內創業投資事業或私募股權基金投資重要政策領域產業者，應檢附該部核准投資函，依該函核准投資期程向受理銀行申請自外匯存款專戶提取資金從事投資。
個人及營利事業應於投資期間之每年一月底前，將上一年度投資計畫辦理進度或投資國內創業投資事業或私募股權基金情形及該創業投資事業或私募股權基金投資重要政策領域產業情形報經濟部備查；其已依前項規定提取資金，但未依期程從事投資或從事投資後尚有剩餘者，應於各該投資期程結束一個月內，依下列方式將該部分資金存回原外匯存款專戶，並依第十條規定辦理：
一、該部分資金為新臺幣或原提取幣別以外之外幣者，以實際成交匯率結購原幣存回。
二、該部分資金為原提取幣別者，以該幣別存回。
依第一項規定提取之資金，未依規定從事投資而移作他用者、未依前項規定存回原外匯存款專戶者，或未依前項規定報經濟部備查，經該部通知期限補報，屆期仍未補報者，應由稽徵機關就該部分資金依前條第二項規定適用之稅率換算稅前金額，並按下列方式核定補徵稅款；該稅前金額已依該項規定繳納之稅款，得予扣除：
一、該部分資金為新臺幣者，以其稅前金額按百分之二十稅率計算稅款。
二、該部分資金為外幣者，以其稅前金額按百分之二十稅率計算稅款，並以稽徵機關核定補徵日之當年度首一工作日臺灣銀行牌告外幣收盤之即期買入匯率（其無即期買入匯率者，採現金買入匯率）折算新臺幣金額。
個人及營利事業得於第六條第三項扣除稅款後之資金按百分之二十五計算之限額內，檢附其與受理銀行或證券商簽訂之信託契約、與經金融監督管理委員會核准經營全權委託投資業務之金融機構簽訂之全權委託投資契約及保管契約，向該受理銀行申請自外匯存款專戶提取資金，並存入信託專戶或證券全權委託專戶從事金融投資。
前項存入信託專戶或證券全權委託專戶之資金，應自其依第六條第一項存入外匯存款專戶之日起算，屆滿五年始得提取三分之一，屆滿六年得再提取三分之一，屆滿七年得全部提取；其已依前項規定從事金融投資，但所屬信託契約或全權委託投資契約於存續期間屆滿前終止或屆滿終止，且未達規定得提取之年限者，應於各該契約終止後一個月內，依下列方式將該部分資金存回原外匯存款專戶，並依第十條規定辦理：
一、該部分資金為新臺幣或原提取幣別以外之外幣者，以實際成交匯率結購原幣存回。
二、該部分資金為原提取幣別者，以該幣別存回。
依第一項規定存入信託專戶或證券全權委託專戶之資金，有未依規定提取、移作他用或作為質借、擔保之標的或以其他方式減少其價值之情形者，或未依前項規定存回原外匯存款專戶者，應由受理銀行於各該情形發生時，就該部分資金依第六條第二項規定適用之稅率換算稅前金額，並按下列方式代為扣取稅款，依第十二條規定向國庫繳納及辦理申報；該稅前金額已依該項規定繳納之稅款，得予扣除：
一、該部分資金為新臺幣者，以其稅前金額按百分之二十稅率計算稅款。
二、該部分資金為外幣者，以其稅前金額按百分之二十稅率計算稅款，並以當日實際成交匯率結售為新臺幣金額。
個人及營利事業得於第六條第三項扣除稅款後之資金按百分之五計算之限額內，自外匯存款專戶提取資金自由運用。
依前項規定提取之資金，經稽徵機關查獲自存入外匯存款專戶之日起算五年內有用於購置不動產、依不動產證券化條例所發行或交付之受益證券情形者，應由稽徵機關就該部分資金依第六條第二項規定適用之稅率換算稅前金額，並按下列方式核定補徵稅款；該稅前金額已依該項規定繳納之稅款，得予扣除：
一、該部分資金為新臺幣者，以其稅前金額按百分之二十稅率計算稅款。
二、該部分資金為外幣者，以其稅前金額按百分之二十稅率計算稅款，並以稽徵機關核定補徵日之當年度首一工作日臺灣銀行牌告外幣收盤之即期買入匯率（其無即期買入匯率者，採現金買入匯率）折算新臺幣金額。
個人及營利事業未依第七條第一項及第八條第一項規定提取之資金，及依第七條第二項及第八條第二項規定存回原外匯存款專戶之資金，除屬前條第一項規定得自由運用者外，應自其依第六條第一項存入外匯存款專戶之日起算，屆滿五年始得提取三分之一，屆滿六年得再提取三分之一，屆滿七年得全部提取。
前項資金有未依規定提取、移作他用或作為質借、擔保之標的或以其他方式減少其價值之情形者，應由受理銀行於各該情形發生時，就該部分資金依第六條第二項規定適用之稅率換算稅前金額，按百分之二十稅率代為扣取稅款，並以當日實際成交匯率結售為新臺幣金額，依第十二條規定向國庫繳納及辦理申報；該稅前金額已依該項規定繳納之稅款，得予扣除。
受理銀行應自資金存入外匯存款專戶之日起，每年一月底前將上一年度個人及營利事業依前五條規定於外匯存款專戶、信託專戶及證券全權委託專戶管理及運用資金之情形，函報個人戶籍所在地或營利事業登記地稽徵機關備查。
前項函報稽徵機關備查之格式，由主管機關另定之。
受理銀行未依第一項規定辦理者，個人戶籍所在地或營利事業登記地稽徵機關應發函通知該受理銀行於文到十五日內補辦並副知金融監督管理委員會。
受理銀行應於每月十日前將上一月內依第六條第二項、第八條第三項及第十條第二項規定所扣稅款之新臺幣金額向國庫繳清，並向個人戶籍所在地或營利事業登記地之稽徵機關申報扣繳憑單。
受理銀行依前項規定向稽徵機關申報之扣繳憑單，應同時填發個人及營利事業收執。
個人及營利事業依第七條第一項規定從事投資，經向經濟部申請並核發完成證明者，應自取得該部核發完成證明之日起算六個月內，檢附下列文件向個人戶籍所在地或營利事業登記地稽徵機關申請退還稅款：
一、退稅申請書。
二、經濟部核發之完成證明。
三、依第六條第二項規定繳納稅款相關證明文件。
前項退還稅款，以個人及營利事業實際完成投資部分，依第六條第二項規定繳納稅款之百分之五十計算。
個人及營利事業匯回境外資金或境外轉投資收益已擇定依本條例規定課稅者，不得就該同一資金之投資適用其他法令所定之租稅優惠。
個人及營利事業對稽徵機關依本辦法所作之行政處分如有不服，得依法提起行政救濟。
本辦法自本條例施行之日施行。