運輸業以其運輸工具裝載客貨經營國際運送業務者，於經交通主管機關核准後，應向海關辦理登記。

運輸業應設置電腦及相關連線設備，以電腦連線或電子資料傳輸方式處理業務。但情形特殊經海關核准者不在此限。其作業規定，由海關訂定並公告。

運輸業向海關申請登記時，應檢具下列各項文件：
一、申請表一份，載明下列事項：
（一）運輸業之名稱、統一編號及其營業地址。
（二）運輸業之業別（海運業、陸運業或空運業）。
（三）組織種類、經營業務範圍及其資本額。
（四）負責人之姓名、年齡、國籍及地址。
二、運輸工具清表一份，載明運輸工具種類、名稱、執照、性能、載運能量及國籍等。
三、交通主管機關核准登記之證件及其影本（正本核對後當即發還）。
四、遵守本辦法各項規定之書面承諾。

運輸業或其負責人曾違反相關關務法規，情節重大，受處分未逾三年者，應不予核准登記。已登記者，應予撤銷，並自撤銷之日起失其效力。

前項所稱違反相關關務法規，情節重大，受處分未逾三年者，指於申請登記日起溯算三年期間有私運紀錄；或因虛報貨物進、出口等違規情事，致所漏關稅稅額、溢沖退稅額或定額罰鍰單計或合計逾新臺幣五十萬元，或沒入貨物價值單計或合計逾新臺幣一百萬元者。但違章情事經查係因相關業者作業疏失所致者，免予採計。

運輸業經核准登記之翌日起十日內應向海關繳納保證金新臺幣五萬元，以完成登記。

保證金數額調整時，運輸業應於海關通知之翌日起一個月內領回或補繳其差額。

保證金除以現金繳納外，得以下列方式提供：
一、政府發行之公債。
二、銀行定期存單。
三、信用合作社定期存單。
四、信託投資公司一年以上普通信託憑證。
五、授信機構之保證。
六、其他經財政部核准，易於變價及保管，且無產權糾紛之財產。

前項第一款至第四款及第六款之擔保，應依法設定抵押權或質權於海關。

運輸業完成登記後，由海關發給登記證，並應每兩年向海關辦理校正一次。

登記證遺失時，應即申請補發。

運輸業完成登記後遇有下列情形之一者，應先向交通主管機關及其他有關機關申請變更登記，並應於核准變更登記之翌日起三十日內向經管海關辦理變更登記換發登記證：
一、變更負責人。
二、變更營業組織或合夥人。
三、遷移地址。
四、增減資本額。