與境外機構合作或協助其於我國境內從事電子支付機構業務相關行為，應向主管機關申請核准，並取得核准函後，始得辦理。
境內帳務清算機構提供經核准機構從事第四條第一項服務所生款項之帳務清算及其系統介接、資訊傳輸與交換服務，應依金融機構間資金移轉帳務清算之金融資訊服務事業許可及管理辦法第二十五條第五款及第二十六條規定，向主管機關申請核准。
主管機關為前二項之核准前，應會商中央銀行同意後為之。
電子支付機構申請與境外機構合作或協助其於我國境內從事電子支付機構業務相關行為，應符合最近一年無違反金融相關法規或處理金融消費爭議不妥適而受主管機關處分或糾正，或受處分或糾正而其違法情事已具體改善並經主管機關認可。
非兼營電子支付機構業務之銀行申請與境外機構合作或協助其於我國境內從事電子支付機構業務相關行為，應符合下列條件：
一、申請前一年度經會計師查核簽證無累積虧損。
二、最近一年無違反金融相關法規或處理金融消費爭議不妥適而受主管機關處分或糾正，或受處分或糾正而其違法情事已具體改善並經主管機關認可。
資料處理服務業者申請與境外機構合作或協助其於我國境內從事電子支付機構業務相關行為，應符合下列條件：
一、從事網路實質交易價金代收轉付服務或第三方支付服務業，並營業一年以上。
二、申請前一年度經會計師查核簽證無累積虧損。
三、最近一年無違反經濟部相關法規而受經濟部處分，或無違反金融相關法規而受主管機關處分，或受處分而其違法情事已具體改善並經經濟部或主管機關認可。
第一項、第二項第二款及前項第三款所稱金融相關法規，指本條例、電子票證發行管理條例、銀行法、金融控股公司法、信託業法、票券金融管理法、金融資產證券化條例、不動產證券化條例、保險法、證券交易法、期貨交易法、證券投資信託及顧問法、管理外匯條例、信用合作社法、農業金融法、農會法、漁會法、洗錢防制法及資恐防制法。
第三項第三款所稱經濟部相關法規，指公司法及商業會計法。
經核准機構擬合作或協助之境外機構，應符合下列條件：
一、最低實收資本額達等值新臺幣五千萬元。但經主管機關同意者，不在此限。
二、經營相當於本條例所定電子支付機構業務達一年以上。
三、最近三年無重大違反當地政府之相關法令。
四、其他經主管機關規定之條件。
申請與境外機構合作或協助其於我國境內從事電子支付機構業務相關行為之核准，應由發起人或負責人檢具下列書件各二份，向主管機關為之：
一、申請書。
二、發起人會議、股份有限公司董事會會議紀錄或有限公司董事書面同意。
三、營業計畫書：載明所申請相關行為之範圍與方式、業務經營之原則、方針與具體執行之方法、市場展望、風險及效益評估。
四、業務章則及業務流程說明。
五、所申請相關行為之各關係人間權利義務關係約定書或其範本。
六、所申請相關行為採用之資訊系統與安全控管作業說明。
七、經會計師認證之交易結算及清算機制說明。
八、經會計師認證之代理收付款項保障機制說明及信託契約、履約保證契約或其範本。
九、境外機構符合前條所定條件之證明文件。
十、其他經主管機關規定之書件。
申請從事第四條第一項第三款服務或由境外帳務清算機構提供帳務清算及其系統介接、資訊傳輸與交換服務者，除檢具前項各款書件外，並應分別檢具下列書件：
一、可行性分析說明：內容包括電子支付帳戶或記名式儲值卡得以使用於我國境外地區或境外帳務清算機構之選定因素、當地適用之法令規定及是否符合其規定。
二、境外機構或境外帳務清算機構所屬當地政府主管機關出具之適法性意見書或許可文件；如本服務於當地無特許事業主管機關者，得由當地律師出具合法經營之適法性意見書。
三、境外帳務清算機構提供帳務清算及其系統介接、資訊傳輸與交換服務能力說明：載明具備足夠流動性以維持清算順暢、系統安全性、防制洗錢與打擊資恐控管機制及權益保護措施。
申請從事第四條第一項相關行為且由境外帳務清算機構提供帳務清算及其系統介接、資訊傳輸與交換服務者，符合下列要件，得免檢具第一項第五款及第九款規定之書件：
一、經核准機構與境外帳務清算機構約定境外機構未履行撥付款項義務，境外帳務清算機構與境外機構之行為，負同一責任者。
二、境外帳務清算機構出具聲明書：
（一）境外帳務清算機構已針對合作之境外機構進行財務、業務、資訊系統及風險管理能力之盡職調查，該境外機構符合前條規定。
（二）境外帳務清算機構對於合作之境外機構有相當監督義務及境外機構發生第二十三條之情事，其處置方式。
兼營電子支付機構業務之銀行與中華郵政股份有限公司及非兼營電子支付機構業務之銀行申請與境外機構合作或協助其於我國境內從事電子支付機構業務相關行為之核准，免檢具第一項第八款規定之書件。
資料處理服務業者申請與境外機構合作或協助其於我國境內從事電子支付機構業務相關行為之核准，除檢具第一項規定之書件外，另應檢具經濟部所核發且於有效期限內之推薦文件。
第一項第四款所稱之業務章則，應記載下列事項：
一、作業手冊及權責劃分。
二、防制洗錢與打擊資恐內部控制及稽核制度。
三、客戶身分確認機制。
四、會計處理方式。
五、客戶權益保障措施及糾紛處理程序。
六、內部控制制度及內部稽核制度。
七、其他經主管機關規定之事項。
第一項第九款所稱之證明文件，指下列書件：
一、境外機構經所屬當地政府主管機關核發之執照或許可及認證書。
二、境外機構於最近三年內，無重大違反當地政府之相關法令之聲明書。
三、其他經主管機關規定之書件。
前項第一款認證書，應經境外機構所屬當地政府之公證人予以認證及我國駐外使領館、代表處、辦事處或其他經外交部授權機構予以驗證。
境內帳務清算機構申請提供經核准機構帳務清算及其系統介接、資訊傳輸與交換服務之核准，應檢具下列書件各二份，向主管機關為之：
一、董事會議紀錄。
二、營業計畫書，載明所申請相關行為之業務流程、清（結）算作業、市場展望、風險及效益評估。
三、境外機構符合第九條所列條件之資料。
四、各關係人間權利義務關係約定書或其範本。
五、其他經主管機關規定之書件。
境內帳務清算機構申請介接境外帳務清算機構提供前項服務，準用前條第二項規定。
第一項申請符合前條第三項規定，境內帳務清算機構得免檢具第一項第三款規定之書件。
經核准機構就經核准之第四條第一項相關行為，新增於不同國家或地區合作或協助之境外機構時，應依第十條第一項至第五項規定，檢具除第十條第一項第四款至第八款外之相關書件，向主管機關申請核准。
經核准機構就經核准之第四條第一項相關行為，新增於同一國家或地區合作或協助之境外機構時，應依第十條第一項至第五項規定，檢具除第十條第一項第四款至第八款外之相關書件，於開辦後五個營業日內報主管機關及中央銀行備查。
經核准機構就經核准之第四條第一項相關行為，係由境內帳務清算機構提供帳務清算及其系統介接、資訊傳輸與交換服務者應於開辦後五個營業日內，將合作或協助之境外機構以網際網路申報系統向主管機關申報，得免依前二項規定辦理。
申請與境外機構合作或協助其於我國境內從事電子支付機構業務相關行為之核准，有下列情形之一者，主管機關得不予核准：
一、不符合第八條及第九條規定之條件。
二、申請書件內容有虛偽不實。
三、經主管機關限期補正相關事項屆期未補正。
四、營業計畫書欠缺具體內容或執行顯有困難。
五、經營業務之專業能力不足，難以經營業務。
六、有妨害國家安全之虞者。
七、有其他事實顯示有礙健全經營業務之虞。
經核准機構取得核准後，經發現原申請事項有虛偽情事且情節重大者，主管機關應撤銷其核准。
資料處理服務業者取得核准之有效期限，與其領有經濟部推薦文件之有效期限相同。
資料處理服務業者應於核准有效期限屆滿前三個月內，重新申請核准，始得繼續與境外機構合作或協助其於我國境內從事電子支付機構業務相關行為。