保護機構辦理本法業務應依本法第十條規定訂定業務規則，報經本會核定，修改時亦同。

保護機構對於受理本法第二十八條證券投資人及期貨交易人之團體仲裁及訴訟案件，應就受理類別、範圍、作業流程、執行方式及其他應遵行事項，訂定案件處理辦法，並申報本會核定，修正時亦同。

保護機構辦理本法第十條之一及第十條之二之訴訟事件，應就執行要件、程序、範圍、作業流程及其他應遵行事項，訂定案件處理辦法，並申報本會核定，修正時亦同。

保護機構為保護投資人，應依本法第十九條規定持有上市、上櫃及興櫃公司之股票，以行使股東權益。

保護機構應於事務所備置各項財務及業務文件，供本會調閱查核。

保護機構應於每月二十日前將上月保護基金變動表、會計科目月計表及當月各單位繳納提撥款與催繳情形函報本會。

保護基金淨額達新臺幣五十億元時，保護機構應即函報本會並將已提撥超過十年之證券商、期貨商之名單及其歷年提撥之金額彙整併同報會。

保護機構為前項函報後，若保護基金因本法第二十一條及其他重大事件致基金淨值未達新臺幣五十億元時，保護機構應即函報本會。

除經本會核准外，保護機構不得為保證、票據之背書或提供財產供他人設定擔保之行為。

保護機構應於年度開始前二個月，擬具年度業務計畫與預算，申報本會核定，修改時亦同；於每季結束後十五日內，編製年度業務計畫與預算截至該季之執行情形，函報本會備查。

保護機構應依本會核定之年度業務計畫與預算執行之。

保護機構應於每年度終了後三個月內，向本會申報業務報告書及經會計師查核簽證、董事會通過、監察人承認之財務報告。