校務基金應設校務基金管理委員會（以下簡稱管理委員會），置委員七人至十五人，其中一人為召集人，由校長擔任，其餘由校長遴選提經校務會議同意後聘任之。

前項委員中未兼行政職務之教師代表不得少於三分之一，必要時得聘請校外專業人士擔任，委員任期二年。

管理委員會之任務如下：
一、校務基金年度概算擬編之審議。
二、校務基金經費收支及運用之績效考核。
三、年度財務規劃及年度投資規劃之審議。
四、依第十三條第二項所定自籌收入收支管理規定之審議。
五、其他關於校務基金預決算、收支、保管及運用事項之審議。

國立大學校院為強化內部控制及確保其內部控制制度持續有效運作，應依下列規定辦理：
一、年度總收入在新臺幣二十億元以上者，應置隸屬於校長之專任稽核人員一人至數人；必要時，得設專責稽核單位，並置稽核主管一人。
二、年度總收入未達新臺幣二十億元者，得準用前款規定，或置隸屬於校長之兼任稽核人員。

專任及兼任稽核人員應具稽核工作經驗及相關專業背景，所需人力由各校現有預算員額內調整，稽核主管並得以契約進用。

前項稽核人員執行第八條任務時，其迴避事項由教育部定之。

國立大學校院稽核人員或稽核單位之任務如下：
一、人事、財務、營運及關係人交易事項，涉及校務基金交易循環之事後查核。
二、現金出納及壞帳處理之事後查核。
三、現金、銀行存款、有價證券、股票、債券與固定資產等之稽核及盤點。
四、校務基金各項業務績效目標達成度之定期評估、稽催及彙整報告。
五、校務基金運用效率與各項支出效益之查核及評估。
六、其他專案稽核事項。

前項第一款所定交易循環，包括收入循環、採購與支付循環、薪資循環、財產管理循環、投資循環、融資循環及研發循環等。

國立大學校院應依風險評估結果，擬訂年度稽核計畫，並作成年度稽核報告，向校務會議報告。