本辦法依科學園區設置管理條例（以下簡稱本條例）第二十二條第三項規定訂定之。

科學園區管理局（以下簡稱管理局）辦理科學園區內（以下簡稱園區內）下列各款有關貿易業務事項：
一、貨品輸出入申請案之審核及發證。
二、有關原產地證明書申請案之審核及發證。
三、有關輸出入貨品通關自動化事項。
四、接受其他機關委託辦理業務。
五、其他有關園區內貿易業務事項。

園區事業有關外匯業務由中央銀行指定辦理外匯業務之銀行（以下簡稱指定銀行）辦理之。

園區內有關貿易之重要措施，應由管理局函請經濟部國際貿易局同意或備案。

園區事業經管理局核准得兼營其業務相關之進出口業務。

前項兼營貿易業務應辦妥相關變更登記，增列兼營與營業相關之貿易項目。

園區事業得以電子文件方式使用科學園區通關系統，辦理貨品輸出入之簽證、通關及儲運手續。

園區事業使用前項科學園區通關系統，應先向管理局申請核准。