書記處置書記官長一人，承檢察長之命，處理該署行政事務，並指揮監督所屬書記官以下職員。
書記官長因事故不能執行職務時，由檢察長指定適當人員代理之。
書記官以下職員因事故不能執行職務時，由書記官長指定適當人員代理之，並報告檢察長。
書記處設紀錄科、執行科、文書科、研究考核科、總務科、資料科及訴訟輔導科。各科置科長一人負責指揮監督各該科事務。其事務較簡者，得不分科或併科辦事，其事務較繁者，得分股辦事。
前項科長或荐任股長由檢察長報請法務部就所屬荐任書記官派兼之，委任股長由高等檢察署檢察長就所屬委任書記官派兼之。
高等檢察署及其檢察分署設所務科者，科長由高等檢察署檢察長報請法務部派任。事務較繁者得分股辦事，股長由高等檢察署檢察長就所屬荐任科員報請法務部派兼之。
福建高等檢察署金門檢察分署除科長、股長派兼，依法務部授權之規定辦理外，餘均準用前三項之規定。
紀錄科掌理左列事項：
一、關於案件之編號及分配。
二、關於案卷及文件之點收、登記及人犯羈押登記。
三、關於筆錄、傳票、拘票、提票、押票、釋票、搜索票及其他通知之製作。
四、關於案件及行政文稿之撰擬。
五、關於整理、編訂、保管案卷及附隨案卷證物之保管。
六、關於起訴書、處分書、答辯書或上訴書等正本、繕本及其他書類之製作與其結果之公告。
七、關於案件文書之交付送達。
八、關於已結案卷之發送或歸檔。
九、關於各項報表之製作或統計等資料之提供。
十、關於保證金及贓證物品之處理。
十一、關於刑事被告資料卡之製作、保管、查證。
十二、其他應由紀錄書記官辦理或長官交辦事項。
執行科掌理左列事項：
一、關於刑事執行案件之編號及分配。
二、關於刑事執行案卷及文件之點收、登記、保管。
三、關於筆錄、傳票、拘票、提票、押票、釋票、執行指揮書及其他文書之製作。
四、關於刑事執行及觀護業務文稿之撰擬。
五、關於刑事執行案卷之整理、編訂、發送、歸檔。
六、關於刑事執行案件各項表報之製作或統計等資料之提供。
七、關於保證金及贓證物品之處理。
八、關於保護管束事務之處理。
九、其他應由執行書記官辦理或長官交辦事項。
文書科掌理左列事項：
一、關於印信之典守。
二、關於文件之收發、分配及繕校。
三、關於行政文稿之撰擬。
四、關於各項報告之彙編。
五、關於各項會議之籌劃及記錄。
六、關於規劃法律常識之推廣宣導事項。
七、其他有關文書事務或長官交辦事項。
研究考核科掌理左列事項：
一、關於研究發展業務之辦理及督導。
二、關於年度工作計畫之編擬及審核。
三、關於列管計畫之編擬、建卡、考核、評估及輔導。
四、關於列管案件之追蹤管制。
五、關於案件進行及一般業務之檢查催辦。
六、關於檢察官蒞庭執行職務情形之登記。
七、關於公文時效之管制及統計。
八、關於為民服務工作之進行、輔導及管考。
九、其他有關研究發展考核或長官交辦事項。
總務科掌理左列事項：
一、關於經費之出納。
二、關於法收款之收入。
三、關於贓證物品之保管。
四、關於案內金錢或其他貴重物品存入國庫之出納。
五、關於財物之購置、保管及發給。
六、關於公有房舍之修建及分配使用。
七、關於實物配給之辦理。
八、關於同仁福利之研辦。
九、關於駕駛、技工、工友之管理、調配、訓練及考核。
十、關於法律影片之放映事項。
十一、其他有關總務或長官交辦事項。
資料科掌理下列事項：
一、關於圖書、報刊之徵集、閱覽及管理。
二、關於法令規章、解釋、判例、法律問題研討紀錄及其他法規資料之徵集、分析、分送及管理。
三、關於檢察書類及相關資料之蒐集及編輯印行。
四、卷宗之編號、建檔及保管運用。
五、刑事案件資料彙集、處理、查核與辦案書類之縮影管理及查詢。
六、其他有關資料之處理或長官交辦事項。
訴訟輔導科掌理左列事項：
一、關於為民服務工作之年度重點項目之研議。
二、關於為民服務工作之策劃執行。
三、關於服務台（處）工作之研擬及執行。
四、關於輔導訴訟當事人聲請事項。
五、協助推廣平民法律扶助事項。
六、關於為民服務工作之協調事項。
七、其他有關訴訟輔導事項或長官交辦事項。
所務科掌理左列事項：
一、關於看守所及少年觀護所戒護、給養、衛生及醫療之研擬與視察。
二、關於看守所作業輔導及分類調查之考查。
三、關於少年觀護所教導及鑑別之考查。
四、關於刑事被告及收容少年、入所、出所及脫逃追捕、暴行制止、自殺處理之督導。
五、關於看守所及少年觀護所建築、修繕之研擬。
六、關於更生保護業務之促進事項。
七、其他有關看守所、少年觀護所之監督或長官交辦事項。
書記官於配受案卷或文件後，應即依照規定登記有關簿冊，其應由主任檢察官、檢察官處理者，應即分別送請核閱。其應由書記官自行處理或應簽請檢察長處理者，應即分別處理。
書記官承辦文件，除依法令屬於其職權者外，應送請各該單位主管核轉檢察長核定。但一般例行文稿、例行報表或以各單位名義行之者，得依其性質，由主任檢察官、檢察官、書記官或各該單位主管核定之。
辦理紀錄及執行之書記官應備置羈押被告登記簿、辦案進行簿，隨時將人犯羈押登記、案件進行與終結情形，翔實記載。
前項簿冊，應於月終送請檢察官、主任檢察官轉陳檢察長核閱。
研究考核科應按月將研究發展考核辦理情形及結果，列表送請書記官長轉陳檢察長核閱，並依其權責作適當之處理。
訴訟輔導科接受詢問事項或為其他之服務，應立即洽辦、答覆或為妥適之處理，並應設簿登記。
前項簿冊應於月終送請書記官長轉陳檢察長核閱。
各類卷宗應分別保存，並載明歸檔編號及保存期限。
訴訟卷宗之調取，應經檢察官以上人員簽章。行政卷宗之調取，應經單位主管以上人員簽章。
通譯辦理語言之傳譯及檢察長指定之事項。
技士辦理工程規劃、設計、估價、監驗及檢察長指定之事項。
錄事辦理文件之繕寫及檢察長指定之事項。