本辦法依毒品危害防制條例第十八條第二項規定訂定之。

辦法所稱扣案毒品，指依刑事訴訟法規定查獲而扣押，經檢察官認定易生危險、有喪失毀損之虞、不便保管或保管需費過鉅之毒品。

扣案毒品銷燬之處理程序如下：
一、扣案毒品於判決確定前，偵查中經移送機關向檢察官聲請或檢察官依職權，於徵詢被告意見後，得以處分命令銷燬之。
二、扣案毒品之銷燬事宜，由各地方檢察署或由各地方檢察署委託其他地方檢察署、司法警察機關辦理之。
三、贓物庫收受承辦檢察官處分命令，辦理銷燬事宜時，應先查核欲銷燬之毒品品項、數量是否相符，且確定在贓物庫、法務部調查局毒品保管專庫或在其他代保管處所，再依處分命令造列銷燬清冊，函報臺灣高等檢察署（以下簡稱高檢署）或褔建高等檢察署金門檢察分署（以下簡稱金門高分檢署）核准。有發現毒品未在贓物庫、法務部調查局毒品保管專庫或其他代保管處所情形，應即報請承辦檢察官處理，不可預為列冊函報銷燬。
四、扣案毒品銷燬之過程，應由第二款辦理銷燬之機關全程錄音錄影，銷燬後應檢具銷燬紀錄、照片及錄影光碟（一式三份），由移送機關、檢察官留存及函報高檢署或金門高分檢署備查。

扣案毒品銷燬前之啟封、取樣留存、鑑定及封緘之處理程序如下：
一、扣案毒品銷燬前，檢察官應先指揮移送機關將扣案毒品送鑑定機關鑑定並由鑑定機關或移送機關取樣留存，取樣留存之毒品及其他待銷燬之扣案毒品應分別封緘，並於移送地方檢察署時，分別辦理入贓物庫之事宜。
二、鑑定機關或移送機關取樣留存時，應依包裝分別為之且取樣留存之樣品不得少於淨重五十公克（或五十毫升）。
三、鑑定機關或移送機關就扣案毒品之啟封、取樣留存及封緘等過程及方法，應全程錄音錄影並應詳實記載於「扣案毒品啟封、鑑定、取樣留存及封緘紀錄表」（如附件），送交檢察官存卷。

扣案毒品如合於醫療、研究或訓練用者，於銷燬前，保管機關應依醫藥研究訓練或製成標準品用毒品及器具管理辦法第八條規定進行公告，各有關機關（構）得依前開規定向該檢察機關申請領用之。

扣案毒品於銷燬前之保管事宜，依「獲案毒品處理流程管制作業要點」及「臺灣高等檢察署所屬地方檢察署贓證物庫辦理扣案毒品保管及處理作業流程」辦理。

案件於起訴後，扣案毒品之處理，非經審理之法院裁定後，不得為之。

本辦法自中華民國一百十年五月一日施行。