政府捐助之財團法人應依本法第六十一條第一項建立下列人事制度，並報本部核定；修正時，亦同：
一、組織章程，且應包含組織設立依據、掌理事項、內部單位業務等事項。
二、執行首長之任期及產生方式。
三、考核，且應包含主管考核之強化機制。
四、退休及撫卹。

政府捐助之財團法人，對其專任董事長及其他從業人員薪資之支給方式與支給基準，應審酌本法第五十三條第二項所列因素，訂定薪資基準，提經董事會通過後，報本部核准；薪資基準變更時，亦同。薪資基準之上限如下：
一、董事長以不超過本部部長（以下簡稱部長）待遇為限。
二、其他從業人員：經理人以不超過部長待遇為限；其餘人員以不超過本部政務次長待遇為限。
三、屬高科技、稀少性或其他特殊研究領域，致有人才難以羅致之情形，必要時得超過前二款規定之上限。

前項財團法人，應針對前項第三款人員每年實施績效考核，並將考核結果報本部核定；考核結果未達工作目標者，應自下年度起檢討酌減其薪資基準。

政府捐助之財團法人，對其專任董事長及其他從業人員之獎金及其他給與，在相當本部及所屬機關（構）員工支給項目及基準範圍內，就支給項目、對象、數額、上限及其他條件，訂定獎金發放基準，提經董事會通過後，報本部核准；獎金發放基準變更時，亦同。

前項獎金發放基準及上限，指前項財團法人發給之獎金總額以平均二點五個月為原則，並得依個人績效表現訂定差異化之發放基準。但有下列情形之一者，得酌予提高其獎金總額：
一、薪資結構比照公務人員俸額表，並有敘年功俸最高俸級已無級可晉，且獎金最高為三點五個月者，得按該等人員人數比例調增獎金總額之平均月數。
二、定有自籌經費計畫者，得按其績效表現情形調增獎金總額，平均最高以三點五個月為上限；依其產業特性設定具體之財務績效指標，並函報本部核准者，得依其績效表現，最高以四點四個月為上限。

特定民間捐助之財團法人，對其專任董事長及其他從業人員薪資之支給方式與支給基準，得審酌本法第五十三條第二項所列因素，在不超過部長待遇內，訂定薪資基準，提董事會審議通過後實施。如屬高科技、稀少性或其他特殊研究領域，致有人才難以羅致之情形，其薪資基準必要時得超過部長待遇者，應提經董事會通過，報本部核准後實施。

前項財團法人，其專任董事長及其他從業人員，屬擇領或兼領月退休金（俸）或辦理優惠存款之軍公教人員退休（職、伍）轉（再）任者或擔任政府代表者，其薪資、獎金及其他給與事宜，準用前二條規定辦理。

政府捐助之財團法人，其董事、監察人之兼職費支給，應提經董事會通過後，報本部核准；特定民間捐助之財團法人，其董事、監察人之兼職費支給，應提經董事會通過。其兼職費基準如下：
一、屬軍公教人員兼職費支給表之適用對象者，依該表規定辦理。
二、非屬軍公教人員兼職費支給表規定之適用對象者，得比照該表規定辦理；必要時，得超過該表領受限制。

政府捐助之財團法人及特定民間捐助之財團法人，對其專任董事長及經理人之薪資發放數額及調整，應提經董事會通過，報本部核准後實施。