本辦法依工廠管理輔導法（以下簡稱本法）第二十八條之十第五項規定訂定之。
取得特定工廠登記者，位於本法第二十八條之十第一項第一款規定之群聚地區，優先採新訂都市計畫或開發產業園區規劃處理，依都市計畫法、區域計畫法、國土計畫法相關規定辦理土地使用分區變更或使用許可。
取得特定工廠登記者，非屬前項情形且位於都市計畫之土地，依都市計畫法規定辦理。
取得特定工廠登記者，非屬第一項情形，且位於都市計畫以外之土地，依下列規定辦理土地使用分區變更或使用地變更編定：
一、土地面積未達五公頃者，依本辦法規定提出用地計畫：
（一）未達二公頃者，辦理使用地變更編定為特定目的事業用地。
（二）二公頃以上未達五公頃者，依本辦法取得直轄市、縣（市）主管機關核定用地計畫後，併依非都市土地使用管制規則（以下簡稱管制規則）及非都市土地開發審議作業規範（以下簡稱審議規範）擬具開發計畫，取得開發許可核定，辦理土地使用分區變更為特定專用區、特定目的事業用地及適當使用地類別。
二、土地面積達五公頃以上者，依產業創新條例、管制規則及審議規範辦理土地使用分區變更為工業區，不適用本辦法規定。
前條第三項第一款取得特定工廠登記者，應積極提出用地計畫申請土地及建築物合法，且應符合下列規定：
一、申請人至遲應於中華民國一百二十一年三月十九日以前提出用地計畫之申請。但有不可歸責申請人事由，不在此限。
二、用地計畫申請前三年內，未有因違反環保法規，經環境保護主管機關認定情節重大命令其停工或停業者。
三、取得特定工廠登記後，未有違反本法第二十八條之九第一項各款情事；或違反本法第二十八條之九第一項各款情事，經直轄市、縣（市）主管機關令限期改善，已於期限內完成改善者。
申請人應檢具下列文件一式八份，向土地所在地之直轄市、縣（市）主管機關申請用地計畫核定：
一、申請表。
二、特定工廠登記文件影本。
三、用地計畫書。
四、土地所有權人出具之土地變更編定同意書。
五、依農業主管機關同意農業用地變更使用審查作業要點規定，涉及農業用地變更者，應擬具農業用地變更使用說明書。
六、依非都市土地變更編定執行要點規定之環境敏感地區查詢結果，且仍於有效期間內之文件。
七、依環保法規應檢送之計畫、評估調查檢測資料或取得有效之各項許可文件。
八、依環境影響評估法規定，應實施環境影響評估者，檢附環境影響評估核定文件。
九、屬山坡地並經認定須擬具水土保持計畫者，應檢附水土保持完工證明文件。
十、計畫用水量達水利法第五十四條之三規定者，檢附用水計畫核定文件。
十一、其他經直轄市、縣（市）主管機關公告規定之書件。
前項第七款至第十一款文件，得檢送取得特定工廠登記時經各法規主管機關審查核定且在有效期限內之計畫、審查許可或完工證明等文件。但有下列情形之一，經各該法規主管機關認定須依用地計畫內容重新審查者，申請人應重新提送該文件：
一、申請面積與特定工廠登記廠地面積不一致。
二、土地使用計畫內容與取得特定工廠登記時規劃配置不一致。
三、增加或變更低污染之產業類別及主要產品。
四、原核定文件逾期失效。
五、法規變更。
前條第一項第三款之用地計畫書應包括下列事項：
一、基本資料。
二、廠地及鄰近環境概況：
（一）鄰近農業生產環境說明。
（二）鄰近農業灌溉排水設施說明。
（三）申請範圍土地之周邊毗連土地目前使用現況。
（四）用地變更後對鄰近道路影響。
三、土地使用計畫：
（一）土地使用計畫圖、表。
（二）土地使用地編定圖、表。
（三）經建築師簽證，依據建築線指示（定）圖、容積率、建蔽率規定規劃之建築物與廠區配置，及依建築技術規則規定之防火間隔規劃。
（四）隔離綠帶或設施配置。
（五）景觀計畫。
（六）廢（污）水排放計畫：應具體規劃廢（污）水排放機制。
四、營運管理計畫：
（一）計畫期程。
（二）預期效益。
（三）回饋金繳納機制；如採分期繳納者，檢附申請人及土地所有權人出具之回饋金採分期繳納應辦事項切結書。
（四）太陽光電發電設備：應規劃設置屋頂型太陽光電發電設備，其裝置發電設備面積不低於屋頂水平投影面積之百分之五十，但因饋線不足、日照不足、建物結構特殊等因素經台灣電力股份有限公司或經濟部指定之太陽能產業公（協）會評估無法裝置之書面意見，經中央主管機關同意者，免予設置。
前條第三款土地使用計畫應以特定工廠登記廠地範圍內土地規劃，且符合下列規定：
一、申請範圍土地與相鄰農業用地應規劃隔離綠帶或設施。但相鄰之農業用地為已取得特定工廠登記之廠地範圍，於相鄰處得免留設：
（一）申請面積未達二公頃者，隔離綠帶或設施寬度至少一點五公尺且面積不少於申請面積百分之三十。
（二）申請面積二公頃以上未達五公頃者，隔離綠帶或設施留設依審議規範規定辦理。
二、申請人必要時得使用毗連土地至多一點五公尺範圍內土地規劃為隔離綠帶，視同廠地面積納入申請範圍，其使用地編定方式如下：
（一）申請面積未達二公頃者，為特定目的事業用地。
（二）申請面積二公頃以上未達五公頃者，依審議規範規定辦理。
三、申請範圍土地位於農產業群聚地區者，與相鄰農業用地限以隔離綠帶規劃，其使用地編定別、寬度及面積依前二款之規定。
四、生產事業為本法第二十八條之七第三項低污染認定基準之產業類別及主要產品，或增加、變更為低污染之產業類別及主要產品為限。
五、用地計畫書規劃之特定目的事業用地，建蔽率不得超過百分之七十；容積率不得超過百分之一百八十。
直轄市、縣（市）主管機關受理申請後，審查申請文件欠缺或不符規定者，應以書面通知申請人限期補正；屆期未補正或無法補正者，應敘明理由駁回之。
申請案件有不符合第三條各款規定者，應予駁回。
申請案件無前二項情形者，應將申請文件分送地政、工務（建設、建築管理）、農業、環境保護、水利及變更前目的事業等主管機關或單位，並會同實地勘查、審查後簽核具體意見於審查表。審查期間以三個月為限；必要時，得延長三個月，並以一次為限，但申請人補正期間不計入審查期間。直轄市、縣（市）主管機關如因申請案數量眾多，有延長審查期限之必要者，得報請中央主管機關同意延長之。
用地計畫涉及環境影響評估、水土保持、用水計畫等事項，得採併行審查方式辦理。
直轄市、縣（市）主管機關應於用地計畫核定前，確認申請人已提出下列完成廢（污）水排放計畫之證明文件；文件欠缺或不符規定之處理，準用第一項規定：
一、屬事業廢水者：依水污染防治法規定取得環境保護主管機關排放許可或簡易排放許可文件。
二、屬生活污水者：取得相關主管機關同意對外排放之文件。
申請人所提用地計畫之土地位於群聚地區，且經主管機關規劃採新訂都市計畫或開發產業園區區位時，直轄市、縣（市）主管機關得駁回其申請。
用地計畫留設之隔離綠帶或設施範圍內，有應拆除之既有建築物或其他不符合規定之使用情形，經載明拆除位置、寬度及範圍，並檢附申請人及土地所有權人出具之隔離綠帶或設施拆除切結書者，直轄市、縣（市）主管機關應於核定用地計畫時附加附款，明定申請人最遲應於申請廠房使用執照之前拆除及完成隔離綠帶或設施之設置，並取得農業用地變更使用同意文件，始得請領使用執照。
申請人未依核定之用地計畫完成前項附款事項者，直轄市、縣（市）主管機關應廢止用地計畫之核定、註銷核發之特定工廠使用地證明書，並將土地恢復原編定。
直轄市、縣（市）主管機關應於核定用地計畫時，依相關規定程序登錄於地政機關之土地參考資訊檔，同時副知當地建築主管機關管制其使用執照之申請。申辦廠房使用執照者，以用地計畫申請人為限，並應檢附勘驗合格通知文件。
申請人於隔離綠帶或設施留設完成後，應向直轄市、縣（市）主管機關申請勘驗。直轄市、縣（市）主管機關應於一個月內會同直轄市、縣（市）農業主管機關勘驗，並得邀集地政、建築主管機關會同辦理。
前項會勘如需改善者，應以書面通知申請人於三個月內改善完成並申請複勘。申請人屆期未改善或複勘不符合規定者，直轄市、縣（市）主管機關應依第二項規定辦理。
經勘驗合格後，直轄市、縣（市）主管機關應以書面檢附農業用地變更使用同意文件並通知申請人勘驗合格；申請人憑勘驗合格通知文件向當地建築主管機關申請使用執照。
申請人依核定用地計畫完成工廠登記後，應向直轄市、縣（市）主管機關申請刪除土地參考資訊檔參考事項內容，由直轄市、縣（市）主管機關依相關規定程序檢具刪除後之更新資料，送土地所在地地政事務所辦理更新。
直轄市、縣（市）主管機關核定用地計畫，應以書面載明回饋金應繳數額，並發給特定工廠使用地證明書，通知申請人向直轄市、縣（市）地政主管機關申辦使用地變更編定。
用地計畫應繳交之回饋金按申請用地變更使用總面積，依用地計畫核定當期公告現值百分之五十計算。但用地計畫核定範圍內，曾依森林法相關法規繳交回饋金者，就已繳交之山坡地開發利用回饋金數額得予扣除。直轄市、縣（市）主管機關收繳之回饋金，應撥交予農業發展條例第五十四條第一項規定設置之農業發展基金。
申請人應繳交之回饋金應於辦理使用地變更編定異動登記前全數繳交，或於辦理工廠登記前分期繳交，其分期繳交規定如下：
一、第一期：使用地變更編定異動登記前繳交應繳金額之四分之一。
二、第二期：用地計畫或開發許可核定後一年內繳交應繳金額之四分之一。
三、第三期：用地計畫或開發許可核定後二年內繳交應繳金額之四分之一。
四、第四期：辦理工廠登記前全數繳交完畢。
回饋金採分期繳交者，直轄市、縣（市）主管機關應於核定用地計畫時附加附款，載明申請人應依前項規定分期繳交回饋金，不受管制規則第二十六條及第二十九條限制；於第二期繳交期限前未完成使用地變更編定異動登記者，應依直轄市、縣（市）主管機關通知繳交全部回饋金；於辦理工廠登記前，有土地所有權移轉情事，應於辦理土地所有權移轉登記前繳清。
依第三項分期繳交回饋金時，申請人應以用地計畫申請範圍內全部土地作為擔保，如申請人非土地所有權人，應併取得土地所有權人同意，向土地所在地地政事務所辦理抵押權設定登記予直轄市、縣（市），經登記完畢，檢具土地登記謄本向直轄市、縣（市）主管機關申請繳交第一期回饋金。
回饋金採分期繳交者，應依下列規定辦理：
一、直轄市、縣（市）主管機關核定用地計畫時，依相關規定將第四項用地計畫核定之附款事項，登錄於地政機關之土地參考資訊檔，並定期查核土地所有權登記情形。
二、直轄市、縣（市）主管機關通知申請人繳交第二期及第三期回饋金之應辦事項如下：
（一）於第二期應繳期限三十日前，查核使用地變更編定異動登記情形，其已完成異動登記者，通知申請人於期限前繳交當期回饋金；尚未完成異動登記者，應通知申請人於辦理使用地變更編定異動登記前繳交全部回饋金，不適用第三項各款分期繳交之規定。
（二）於第三期應繳期限三十日前，通知申請人於期限前繳交當期回饋金。
三、依前項規定經設定抵押權登記之土地，如於回饋金全數繳交完畢前申請所有權移轉登記時，應依下列規定辦理：
（一）土地所在地地政事務所受理土地所有權移轉登記案件時，同時通知直轄市、縣（市）主管機關。
（二）直轄市、縣（市）主管機關接獲前目通知，應通知申請人於十五日內將回饋金全數繳交完畢，並副知土地原所有權人及繼受人。
四、申請人未依第三項或第二款第一目規定繳交回饋金，或有前款情形經限期繳交仍未依規定繳交者，直轄市、縣（市）主管機關應廢止用地計畫之核定，註銷特定工廠使用地證明書，將土地恢復原編定，已繳交之回饋金不予退還。但土地所有權係移轉予原申請人或因繼承而移轉土地所有權，不在此限。
五、有前款本文情形，直轄市、縣（市）主管機關依前款規定將土地恢復原編定後，應依相關規定程序檢具更新資料，送請土地所在地地政事務所辦理土地參考資訊檔更新，並通知申請人申請抵押權塗銷同意書，向土地所在地地政事務所申請抵押權塗銷登記。
六、申請人於回饋金未全數繳交完畢前申請工廠登記者，直轄市、縣（市）主管機關於審查前應通知申請人於十五日內將回饋金全數繳交完畢，申請人逾期未繳清者，應駁回其工廠登記申請。
申請人依第三項或前項第二款第一目規定將回饋金全數繳交完畢後，應向直轄市、縣（市）主管機關申請刪除土地參考資訊檔參考事項內容，由直轄市、縣（市）主管機關依相關規定程序檢具更新資料，送土地所在地地政事務所辦理更新；並申請抵押權塗銷同意書，據以向土地所在地地政事務所申請抵押權塗銷登記。
申請人應於用地計畫核定次日起二年內，依核定用地計畫完成工廠登記。但申請面積達二公頃以上，需擬具開發計畫申請土地使用分區變更者，二年期間於開發許可核定次日起算。
申請人未於前項所定期限內完成工廠登記，應向直轄市、縣（市）主管機關申請展延；其申請展延之期限總計不得超過二年，且不得逾中華民國一百二十九年三月十九日；逾期未完成工廠登記者，用地計畫核定失效。
經核定用地計畫之土地，直轄市、縣（市）主管機關應檢查土地使用情形。有下列情形之一者，除第八條及第九條另有規定外，應以書面通知限期改善；屆期未改善者，得廢止其用地計畫之核定：
一、未依核定之用地計畫使用。
二、未於辦理工廠登記時一併檢附能源主管機關發給之太陽光電發電設備完成設置之證明文件。但經中央主管機關同意免予設置者，不在此限。
三、違反用地計畫核定函之附款。
申請人辦理工廠登記前，有下列情形之一者，直轄市、縣（市）主管機關應廢止其用地計畫之核定：
一、經直轄市、縣（市）主管機關依特定工廠登記辦法第二十三條廢止或撤銷其特定工廠登記。
二、因違反環保法規，經環境保護主管機關認定情節重大命令其停工或停業。
有前條第二項後段用地計畫核定失效及前二項廢止用地計畫核定之情形者，直轄市、縣（市）主管機關應註銷其特定工廠使用地證明書並通知直轄市、縣（市）地政主管機關依據管制規則第三十七條規定辦理。但第八條及第九條另有規定者，依其規定。
用地計畫經核定後，如需變更用地計畫內容，限於原核定變更編定之用地範圍內，應檢具變更用地計畫，向直轄市、縣（市）主管機關提出申請用地計畫變更。
前項審查，依第七條第三項及第四項規定辦理。
申請用地計畫審查時，應繳交審查費；未繳交者，不予受理。
前項審查費，每件新臺幣一萬四千元。依據前條申請變更用地計畫，審查費每件新臺幣七千元。
申請人於繳納審查費後，有撤回申請或申請遭駁回者，審查費不予退還。但依第七條第六項規定駁回其申請者，審查費應予退還。
位於本法第三十三條公告特定地區內經補辦臨時工廠登記之事業興辦人，曾依管制規則第三十一條之一、第三十一條之二規定提出興辦事業計畫而遭駁回，復依第三條及第四條規定提出用地計畫申請核定，且所列土地使用計畫與興辦事業計畫內容相同者，第四條第一項第七款至第十一款文件，申請人得檢附提出興辦事業計畫申請審查時，已依相關法規取得之核定或同意且仍有效之各項文件辦理。
第四條所定申請表、用地計畫書及土地變更編定同意書、第五條所定回饋金採分期繳納應辦事項切結書、無法裝設屋頂型太陽光電發電設備文件、第七條所定受理單位審查表、第八條所定隔離綠帶或設施拆除切結書及第九條所定特定工廠使用地證明書，由中央主管機關定之。
本辦法自發布日施行。