管理機關辦理區域排水之治理計畫應以一區域排水集水區域為治理規劃單元，並應報主管機關核定。但數個區域排水互有利害關係者，應一併規劃。

管理機關應依區域排水治理計畫之優先次序釐訂實施計畫後實施。

管理機關應就區域排水系統之各級排水設施調查分類統一編號，並分年逐期建立下列資料，指定專人保管；如有變更者，應適時校正更新：
一、區域排水系統位置圖。
二、區域排水設施範圍地籍圖。
三、區域排水現況調查表。
四、抽水站、滯洪池、蓄洪池、閘門操作規定。
五、區段、抽水站、滯洪池、蓄洪池及閘門管理員名冊。
六、地籍清冊。
七、巡防管理檢查表。
八、養護歲修紀錄表。
九、妨害水利處理紀錄簿。
十、災害處理紀錄簿。

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區域排水排入河川者，其出口與河川匯流銜接之部分屬河川區域者，其既有排水路通水斷面之疏通或其他維護事宜，由該區域排水管理機關報河川管理機關備查後辦理，並得洽商河川管理機關協助辦理之。

區域排水直接排入海洋者，其出口如有淤、塞等影響排洪情事，由區域排水管理機關辦理疏濬及其他管理事項。

區域排水管理機關為清除位於海堤區域之排水出口淤積或辦理其他維護管理事宜，於報海堤區域管理機關備查後辦理，並得洽商海堤管理機關協助。

各目的事業主管機關於區域排水設施範圍內或其出海口核准施設建造物，應經該區域排水管理機關同意。

前項經核准施設之建造物於施設後有礙排水或禦潮者，管理機關得商請目的事業主管機關或命施設者對所施設之建造物為適當之改善或拆除。