本辦法依船員法第八條第五項規定訂定之。

船員應依本辦法在上船服務前接受體格檢查，在上船服務後接受定期健康檢查。

雇用人不得僱用未檢具依本辦法所定體格（健康）檢查證明書（如附表）證明其體格適於船上工作之船員。

船員體格檢查發現其體格不適於從事船上工作時，不得僱用。

船員經健康檢查發現其健康非因執行職務而致傷病，不能適應原有工作者，雇用人得予資遣。

依本辦法辦理之體格檢查及健康檢查，應由下列醫療機構為之：
一、公立醫院。
二、教學醫院。

船員體格或健康檢查經發現有下列情形之一，致不堪勝任工作者，為檢查不合格：
一、患有傳染病防治法所定傳染病尚未痊癒。
二、不能辨別紅、綠、藍三原色。但事務部門或旅客部門人員，不在此限。
三、有客觀事實足認適應工作環境困難。

航海人員經發現有下列情形之一者，視力檢查為不合格：
一、擔任當值工作之航行員及乙級船員其視力在距離五公尺，以萬國視力表測驗，任一眼矯正視力未達零點五。
二、擔任當值工作之輪機員及乙級船員其視力在距離五公尺，以萬國視力表測驗，任一眼矯正視力未達零點四及兩眼合併矯正視力未達零點四。
三、非擔任當值工作之乙級船員，其視力在距離五公尺，以萬國視力表測驗，任一眼矯正視力未達零點四及兩眼合併矯正視力未達零點四。
四、航行員、輪機員、電信人員及參加航行當值之乙級船員，有色盲或夜盲。

電信人員之聽力，須在離開三十公分兩耳均能聽到碼錶秒時音。

體格檢查證明書自發給之日起，有效期間為二年。但船員年齡未滿十八歲之體格檢查證明書有效期間為一年。

船員持有之體格檢查證明書在航行中到期或最近過期且遇有緊急情況，航政機關得允許該船員工作至其可從合格醫師處取得體格檢查證明書之下一停靠港，其期間不得超過三個月。

醫療機構實施船員健康檢查時，發現船員罹患疑似職業病者，應於三十日內依規定函報航政機關與事業單位所在地之勞工及衛生主管機關。

醫療機構應將船員體格檢查、健康檢查之資料整理留存備查至少十年。

航政機關及衛生主管機關得查核醫療機構辦理船員體格檢查、健康檢查業務，遇有醫療機構違反規定情事者，得限期命其改善。

醫療機構應就前項主管機關通知改善之事項，於限期內提出改善之書面報告。

本辦法自發布日施行。但中華民國一百零二年九月十八日修正發布之第二條、第四條、第六條至第十條，自一百零二年八月二十日施行。