申請經營民用航空運輸業之飛機運輸業務應具備下列資格之一：
一、公司董事長及董事逾半數為中華民國國民，公司之資本總額或股份總數逾百分之五十為中華民國之國民、法人所有，屬股份有限公司組織者，其單一外國人持有之股份總數不得逾百分之二十五。公司具新臺幣十五億元以上財力證明者，得申請經營國內航線定期或不定期航空運輸業務。
二、經營國內航線民用航空運輸業，公司財務及組織健全，最近三年未曾發生財務或股權糾紛致影響公司正常營運，且最近三年承運旅客人數累計達九十萬人次以上，未曾發生重大飛安事故，具有第二級以上維護能力及足夠之合格航空人員者，得申請經營國際航線包機業務。
三、經營國際航線包機業務二年以上，公司財務、維修及航務組織制度健全，最近二年未曾發生財務或股權糾紛影響公司正常營運，每年經營達六十架次以上，最近二年未曾發生重大飛安事故，具有第二級以上維護能力及足夠之合格航空人員者，得申請經營國際航線定期或不定期航空運輸業務。
四、公司董事長及董事逾半數為中華民國國民，公司之資本總額或股份總數逾百分之五十為中華民國之國民、法人所有，屬股份有限公司組織者，其單一外國人持有之股份總數不得逾百分之二十五。公司具新臺幣六十億元以上財力證明者，得申請經營國際航線定期或不定期航空運輸業務。
五、公司董事長及董事逾半數為中華民國國民，公司之資本總額或股份總數逾百分之五十為中華民國之國民、法人所有，屬股份有限公司組織者，其單一外國人持有之股份總數不得逾百分之二十五。公司具新臺幣七億五千萬元以上財力證明者，得申請經營國內離島偏遠航線定期或不定期航空運輸業務。
六、經營普通航空業，公司財務及組織健全，最近二年未曾發生財務或股權糾紛影響公司正常營運，飛行時數達五百小時以上，最近飛行時數五百小時內無航空器失事，最近飛行時數二百五十小時內，無重大意外事件、飛航違規紀錄者，得申請經營國內離島偏遠航線定期或不定期航空運輸業務。申請書（如附件二）。

前項第五款及第六款所稱國內離島偏遠航線，係指臺灣本島與澎湖縣之七美鄉與望安鄉、臺東縣之蘭嶼鄉與綠島鄉等離島地區或離島與其離島地區間航線。

申請經營民用航空運輸業之直昇機運輸業務應具備下列資格之一：
一、經營普通航空業，公司財務及組織健全，最近二年未曾發生財務或股權糾紛影響公司正常營運，飛行時數達五百小時以上，最近飛行時數五百小時內無航空器失事，最近飛行時數二百五十小時，無意外事件、飛航違規紀錄者，得申請經營國內航線直昇機運輸業務。
二、經營飛機運輸業務之民用航空運輸業，公司財務及組織健全，最近二年未曾發生財務或股權糾紛致影響公司正常營運，最近二年飛行時數達一千小時，最近二年內無航空器失事，一年內無意外事件、飛航違規紀錄者，得申請經營國內航線直昇機運輸業務。

具有第三條第一項第一款、第四款或第五款資格之公司申請經營民用航空運輸業時，應另籌組新公司，並檢附下列文件一式二份，向民用航空局（以下簡稱民航局）申請，核轉交通部許可籌設：
一、申請書（如附件一）。
二、原公司章程。
三、原公司登記證明文件。
四、原公司股東名簿及董事、監察人名冊。
五、國內外銀行出具之財力證明文件。
六、新籌組公司之公司章程草案。
七、新籌組公司之發起人名冊及身份證明文件。
八、新籌組公司之主要成員名冊及證明文件；其成員應包括曾擔任三年以上民用航空運輸業董事長、總經理、副總經理或協理以上或同等職務者至少三人。
九、新籌組公司符合航空器飛航作業管理規則之航務主管、機隊主管、機務主管、品管主管及飛安主管名冊、證明文件及願任同意書。
十、營業計畫書：記載營運計畫、擬經營航線、機隊情形、運量估計、營運收支預估、資本籌募計畫。
十一、航務、機務之設備、組織及訓練計畫。
十二、駕駛員之來源及訓練計畫。
十三、飛安組織及計畫。

依前項籌組之新公司，其原公司股東持有股份比例應逾新公司股份總數二分之一。

民用航空運輸業或普通航空業具有第三條第一項第二款、第三款、第六款或第四條資格申請增加航空運輸營業項目者，應檢附下列文件一式二份，向民航局申請，核轉交通部許可籌設：
一、申請書（附件一）。
二、公司登記證明文件。
三、公司章程。
四、公司股東名簿及董事、監察人名冊。
五、最近三年公司之營業報告書、財務報表及會計師查核報告書。
六、公司組織表。
七、營業計畫書：記載營運計畫、擬經營航線、機隊情形、運量估計、營運收支預估、資本籌募計畫。
八、航務、機務之設備、組織及訓練計畫。
九、駕駛員之來源及訓練計畫。
十、飛安組織及計畫。

民用航空運輸業應在核定籌設期間內，依法向有關機關辦妥登記、自備航空器及具有依相關法規從事安全營運之能力，並經民航局完成營運規範審查合格後，檢附下列文件一式二份，申請民航局核轉交通部核准，其營業項目包括國際運送業務者，並應向海關辦理登記，取得證明文件，由民航局核發民用航空運輸業許可證（如附件二及附件二之一）後，始得營業。
一、公司登記證明文件。
二、公司章程。
三、股東名簿及董事、監察人名冊。
四、經理人簡歷冊。
五、航空器租賃、購買或附條件買賣合約及航空器一覽表。
六、公司標章。
七、投保責任保險證明。
八、自備修護裝備、機棚及場地設施清單或委託合格廠商代辦之契約書。
九、航務、機務之設備、組織及人員名冊。
十、駕駛員名冊。
十一、飛安組織及人員名冊。
十二、保安計畫核准函影本。
十三、營運規範核准項目表。

於本規則中華民國九十八年十二月三十日修正發布前經民航局依前項核發民用航空運輸業許可證者，應在本規則修正發布日起六個月內，檢具營運規範核准項目表，向民航局申請換發民用航空運輸業許可證。

民用航空運輸業實收資本額應符合下列規定：
一、以飛機經營國際航線定期或不定期航空運輸業務者，實收資本額不得低於新臺幣六十億元。
二、以飛機經營國際航線包機運輸業務者，實收資本額不得低於新臺幣三十億元。
三、以飛機經營國內航線定期或不定期航空運輸業務者，實收資本額不得低於新臺幣十五億元。
四、以直昇機經營國內航線定期或不定期航空運輸業務，實收資本額不得低於新臺幣七億五千萬元。
五、以飛機經營國內離島偏遠航線定期或不定期航空運輸業務者，實收資本額不得低於新臺幣七億五千萬元。

於本規則中華民國一百零七年三月八日修正發布前經交通部許可籌設或經民航局核發民用航空運輸業許可證者，其實收資本額仍依修正前之規定辦理。

於本規則中華民國一百零七年三月八日修正發布後，經交通部依第五條或第六條許可籌設者，在營運規範審查開始前應完成符合第一項實收資本額登記。

民用航空運輸業以飛機經營國際或國內航線定期航空運輸業務者，使用之飛機至少三架。

民用航空運輸業之公司名稱、組織或代表人變更，應依法向有關機關辦妥登記後十五日內報請民航局核轉交通部備查。

民用航空運輸業之董事、監察人、經理人、本公司所在地變更或設立分公司，應依法向有關機關辦妥變更登記後十五日內，報請民航局備查。

民用航空運輸業許可證登記事項變更時，應檢附換證費申請換發民用航空運輸業許可證。

民用航空運輸業之公司英文名稱或代碼變更時，應於變更後十五日內報請民航局核轉交通部備查。

受理民用航空運輸業籌設之申請或新增航空運輸業務時，有下列情形之一者，民航局得報請交通部限制其經營範圍或不予許可：
一、國際航權班次不足。
二、國內機場起降額度不足。
三、市場供過於求。
四、航空站或飛行場設施無法配合。

民用航空運輸業或以航空器供民用航空運輸業營運者，其購買、附條件買賣或租用民用航空器，應先檢附下列文件一式二份申請民航局核准後，始得辦理：
一、航空器規範。
二、使用計畫。
三、維護計畫（包括維護組織、人員、訓練計畫及維修能力）。
四、財務計畫（包括付款方式、資金來源及營運收支預估）。
五、駕駛員來源及訓練計畫。

前項所購買、附條件買賣或租用之外籍航空器，客機不得超過六年。但民用航空運輸業已使用同機型航空器三年以上，其購買、附條件買賣或租用該機型外籍航空器，客機不得超過十年。

第一項所購買、附條件買賣或租用之外籍航空器，貨機超過十四年者，應另檢送適航評估報告併第一項文件報請民航局辦理。

第二項但書有下列情形之一者，應檢附相關文件，經申請民航局核准後，始得繼續使用：
一、續租同架航空器者。
二、原核准租用航空器之機齡符合前項規定，原承租人申請將租用變更為購買或附條件買賣者。
三、售後租回同架航空器者。

中華民國一百零九年一月一日以後，民用航空運輸業使用之客運飛機，機齡不得超過二十六年。

民用航空運輸業申請經營直昇機運輸業務者，其客運直昇機應為雙渦輪引擎，貨運直昇機應為渦輪引擎。

普通航空業申請以直昇機經營民用航空運輸業者，原已備具之雙渦輪引擎客運直昇機及渦輪引擎貨運直昇機於核准籌設後得繼續使用，不受第二項之限制。