申請認證為驗證機構者，應為行政機關（構）、大學校院或非營利性質之法人、團體，並具備下列條件：
一、取得國際認證論壇（IAF） 會員核發之食品安全管理系統驗證機構認證（ISO/TS22003）證書。
二、置有專職之稽核員，並應具備下列資格之一：
（一）領有食品技師、畜牧技師、水產養殖技師、營養師或獸醫師證書。
（二）領有符合教育部採認規定之國內外專科以上學校食品、營養、家政、生活應用科學、畜牧、獸醫、化學、化工、農業化學、生物化學、生物、藥學、公共衛生或其他相關科、系、所或學位學程畢業證書。

前項第二款稽核員，應具有食品安全管制系統訓練六十小時、食品衛生安全與相關法令知能及至少二年以上稽查經驗。

前項稽查經驗，得以於食品工廠擔任專門職業人員、品質管制人員或衛生管理人員之年資抵充，並以抵充一年為限。

申請認證者，應檢具下列文件、資料，向中央主管機關提出：
一、符合前條資格之證書文件、資料。
二、組織簡介、組織架構、負責人、部門主管、稽核員、業務概要、驗證品質管理能力及作業程序說明。
三、驗證機構董（理）事、監察人（監事）、負責人、執行長或具管理事務、簽署驗證報告權之人員；上開人員同時任職於食品業者，其名冊。驗證機構為機關（構）或公立大學者，免附董（理）事、監察人（監事）之資料。
四、其他經中央主管機關指定之文件、資料。

前項申請文件、資料與規定不符或內容不全者，中央主管機關應通知申請者限期補正；屆期未補正者，不予受理。

中央主管機關對於前條之申請案件，應進行書面審查及實地評鑑；經審查及評鑑合格者，始得發給認證證書。

認證證書應載明下列事項：
一、驗證機構名稱及地址。
二、驗證機構負責人姓名。
三、認證範圍。
四、認證核發日期及認證編號。
五、認證有效期間。
六、其他經中央主管機關指定之事項。

前項認證證書有效期間為三年。期間屆滿後，仍繼續執行驗證業務者，應於期滿六個月前至八個月間申請展延；每次展延期間，以三年為限。申請展延應具備之文件、資料及程序，準用前二條規定。

第一項第一款、第二款及第六款事項變更時，驗證機構應於事實發生之次日起十五日內，向中央主管機關提出申請，經核准後，始得變更；必要時，中央主管機關得重新辦理認證。