本規則依傳染病防治法第五十九條第三項規定訂定之。

本規則用詞，定義如下：
一、港埠：指設置於我國（境）內之國際港埠與國內港埠。
二、國際港埠：指主要供國際運輸工具及其人員入出之港埠或指定特殊港埠。
三、國內港埠：指國際港埠以外之港埠。
四、港埠經營管理機關（構）：指依法負責港埠經營管理之機關，或受港埠主管機關委託、委任或委辦負責港埠經營管理之機關或公、民營事業機構。
五、運輸工具：指船舶、航空器。
六、國內續航：指船舶自國（境）外入國（境）後至駛離我國期間，繼續至我國其他港埠航行或靠泊。
七、船舶衛生證明書：指船舶免予衛生管制證明書或船舶衛生管制證明書。
八、傳染病病人：指感染傳染病或疑似傳染病之病人，以及感染傳染病病原體之人。

國際港埠之檢疫單位為衛生福利部疾病管制署；國內港埠之檢疫單位為所在地之地方主管機關。

檢疫單位發現傳染病或疑似傳染病時，應將傳染病病人及其接觸者之資料，傳送至居住地之地方衛生主管機關辦理追蹤防治。

國際港埠經營管理機關（構）應會同檢疫單位組成工作小組或會報，協調各機關（構）、公、民營事業機構，以確保該港埠具備下列能力：
一、提供旅客適宜醫療服務。
二、提供旅客安全衛生環境，包括飲水、食物、盥洗、廢棄物處理、室內空氣品質及病媒管制。
三、對可能構成國際關注之公共衛生突發事件，及時為適切之應變。

檢疫單位得於港埠設檢疫站，並辦理下列事項：
一、人員健康之監視。
二、運輸工具之檢疫。
三、港區及運輸工具病媒之監測。
四、其他中央主管機關公告之事項。

國內、外流行疫情有傳入、出國（境）之虞時，檢疫單位得採行下列措施；必要時得商請各機關（構）、公、民營事業機構協助，或會同為之：
一、對人員、物品、郵包、行李、屍體、貨櫃、貨物與運輸工具，施行管制及防疫措施。
二、督導運輸工具之所有人、使用人、管理人、駕駛人或代理人（以下簡稱負責人）及港埠內各機關（構）、公、民營事業機構，施行環境消毒或病媒防治措施。

前項之措施由港埠經營管理機關（構）動員，並協調港埠內各機關（構）、公、民營事業機構配合辦理之。