醫療機構因配合中央流行疫情指揮中心防疫需要，經中央流行疫情指揮中心或衛生主管機關書面通知停診者，其在停診原因存續期間之損失，得向中央衛生主管機關申請補償。但已依傳染病防治法或其他法規領取補償者，不得重複申請。

前項停診損失之補償基準，依下列規定辦理：
一、全民健康保險（以下簡稱健保）特約醫療服務機構全面停診者：以中華民國一百零八年同期之健保申報醫療費用點數及掛號費給予補償，申報點數不包括藥費及特殊材料費，點數以一點新臺幣一元計算，或以停診原因存續期間所應支出之基本人事費、維持費及掛號費給予補償，擇一申請。特約未滿一年之健保特約醫療服務機構及非健保特約醫療服務機構，以停診原因存續期間所應支出之基本人事費、維持費及掛號費給予補償。
二、健保特約醫療服務機構部分停診，整體醫療費用未及中華民國一百零八年同期者：以停診原因存續期間被停診部分所應支出之基本人事費、維持費及掛號費給予補償。特約未滿一年之健保特約醫療服務機構及非健保特約醫療服務機構部分停診者，亦同。

前條第二項所定基本人事費，為於各該醫療機構停診前已任職，而於停診期間仍留任人員之經常性給與薪資，或停診之個別醫師於中華民國一百零八年同期之健保申報醫療費用點數，點數以一點新臺幣一元計算。

前項經常性給與薪資，不包括不定期獎勵金，並以停診前六個月之經常性薪資平均計算；未能提供薪資證明文件者，逕以其參加健保之投保金額計算。

第一項停診之個別醫師於中華民國一百零八年同期健保申報醫療費用點數，不包括藥費及特殊材料費。

基本人事費之補償，以醫療機構對停診前已任職之人員，於停診期間繼續給付薪資者為限。

第三條第二項所定維持費，包括各該醫療機構於停診期間應負擔之水費、電費、電話費、瓦斯費、租金、管理費、清潔費、各類社會保險之保險費及其他為維持運作所需之費用。

醫療機構申請補償，應於停診原因消滅後六個月內，向中央衛生主管機關提出。

停診期間連續滿三十日者，得自滿三十日之翌日起，先申請發給該期間之補償。

醫療機構申請補償，應填具申請書，並檢附下列文件、資料：
一、領據。
二、人員薪資證明。
三、各項維持費之證明。
四、其他中央衛生主管機關指定之證明文件、資料。