申請南方黑鮪作業許可，應符合下列資格條件：
一、經營者為台灣區遠洋鮪延繩釣漁船魚類輸出業同業公會（以下簡稱鮪魚公會）會員。
二、漁船具有可填報每尾南方黑鮪量測資料及所採行海鳥忌避措施之電子漁獲回報系統，且可正常回報漁獲資料。
三、取得下列主管機關當年度遠洋漁業作業許可之一：
（一）中南印度洋組、西南印度洋組及漁獲返國銷售組：印度洋大目鮪組或長鰭鮪組。
（二）太平洋組：太平洋長鰭鮪組。
（三）混獲組：太平洋長鰭鮪組、大西洋長鰭鮪組、印度洋大目鮪組或長鰭鮪組。

前項第一款會員不包括贊助會員。

經營者申請次年度南方黑鮪作業許可，應檢附符合前條規定之證明文件，於當年一月十日前向鮪魚公會登記；鮪魚公會應依組別分別彙整後，於當年一月二十日前報送主管機關。

漁船申請季節性專業組各組別者，除太平洋組由鮪魚公會協調外，其他組別應由該公會依下列順位排定優先順序後，報送主管機關：
一、第一順位：前三年度中曾有一年度經許可為季節性專業組，且有實際作業。
二、第二順位：屬印度洋長鰭鮪組。
三、第三順位：屬印度洋大目鮪組。

鮪魚公會無法依前項規定排定時，應以公開公平方式抽籤排定。

取得作業許可之漁船船數，未達當年度各作業組別船數限額時，除依前條規定之順位依次遞補外，主管機關得另行公告受理申請，不受第九條申請期限規定之限制。

漁獲返國銷售組登記船數不足主管機關公告船數時，鮪魚公會應以公開公平方式，自當年度申請中南印度洋組漁船，抽籤排定順序，依序遞補。

經營者申請捕撈南方黑鮪之漁船有下列情形之一者，不予許可：
一、季節性專業組漁船：年度單船實際卸魚量超過該年度單船漁獲配額百分之十，受處分尚未執行完畢或執行完畢未滿三年。
二、混獲組漁船：年度單船實際卸魚量超過該年度單船漁獲配額百分之三十，受處分尚未執行完畢或執行完畢未滿三年。
三、漁獲返國銷售組漁船：未依第十九條規定將南方黑鮪漁獲物運返國內銷售，受處分尚未執行完畢或執行完畢未滿三年。
四、中南印度洋組或漁獲返國銷售組漁船：單船漁獲配額使用率百分之四十以上未達百分之五十，且未依第二十條申報自願調減配額，受處分尚未執行完畢或執行完畢未滿一年；或單船漁獲配額使用率百分之三十以上未達百分之四十，且未依第二十條申報自願調減配額，受處分尚未執行完畢或執行完畢未滿二年；或單船漁獲配額使用率未達百分之三十，且未依第二十條申報自願調減配額，受處分尚未執行完畢或執行完畢未滿三年。

申請作業許可案件經主管機關審查通過者，核發南方黑鮪作業許可證明書，許可期限最長為一年。

南方黑鮪作業許可證明書，應以中英文記載下列事項：
一、證書編號。
二、船名、漁船統一編號、總噸位、漁船全長、漁業種類。
三、經營者姓名或名稱。
四、許可之作業洋區、作業組別、作業漁區、作業期間。
五、國際識別編號。
六、IMO船舶識別號碼。
七、附款：經營者所屬漁船於許可捕撈南方黑鮪期間，所取得之遠洋漁業作業許可失效時，南方黑鮪作業許可，同時失效。

經營者應於漁船上放置有效南方黑鮪作業許可證明書影本，以備檢查。

取得南方黑鮪作業許可之中南印度洋組或漁獲返國銷售組漁船，應於當年七月三十一日前進入中南印度洋漁區。

取得南方黑鮪作業許可之西南印度洋組漁船，應於當年十一月三十日前進入西南印度洋漁區。

漁船未依前二項規定之期限進入所屬作業漁區者，應廢止其南方黑鮪作業許可。