休閒農業區或休閒農場，有位於森林區、水庫集水區、水質水量保護區、地質敏感地區、濕地、自然保留區、特定水土保持區、野生動物保護區、野生動物重要棲息環境、沿海自然保護區、國家公園等區域者，其限制開發利用事項，應依各該相關法令規定辦理。開發利用涉及都市計畫法、區域計畫法、水土保持法、山坡地保育利用條例、建築法、環境影響評估法、發展觀光條例、國家公園法及其他相關法令應辦理之事項，應依各該法令之規定辦理。

本辦法中華民國九十五年四月六日修正施行前已列入專案輔導，尚未完成合法登記且未經廢止其籌設同意之休閒農場，得依下列方式辦理：
一、申請變更經營計畫書，以分期興建方式者，依第三十條規定辦理。
二、籌設期限未屆滿者，應依第二十七條第三項規定辦理。

前項之休閒農場，直轄市、縣（市）主管機關得邀請中央主管機關及相關目的事業主管機關組成專案輔導小組協助之。

休閒農場除有下列情形之一者外，應於本辦法中華民國一百零七年五月十八日修正施行後一年內，繳交原許可登記證，並依第三十條規定向中央主管機關申請換發新式許可登記證：
一、許可登記證已逾效期，且未依本辦法中華民國一百零二年七月二十二日修正施行之規定期限提出換發許可登記證者，廢止其許可登記證。
二、應依本辦法中華民國一百零二年七月二十二日修正施行之規定期限提出換發許可登記證，未提出或提出經審查不合格者，廢止其許可登記證。

本辦法中華民國一百零七年五月十八日修正施行前，已取得許可登記證之休閒農場，依核定經營計畫書內容經營休閒農場；已取得籌設同意文件且籌設尚未屆期之休閒農場，應依籌設同意文件及核定經營計畫書，辦理休閒農場之籌設及申請核發許可登記證，籌設期間及展延依第二十七條規定辦理，主管機關應依核發之籌設同意文件及核定經營計畫書管理及監督。

前項休閒農場全場總面積異動時，應依第十七條第一項第一款規定辦理。但異動後面積增加者，不受該款所定面積不得小於一公頃之限制。

未滿十公頃之休閒農場，其第二十七條第三項籌設展延，第二十九條第一項廢止籌設同意文件，第三十條第二項廢止許可登記證，第三十三條停業、復業、歇業、廢止許可登記證，第三十四條第二項經營計畫書變更及第三十七條第一項廢止許可登記證事項，中央主管機關得委辦直轄市、縣（市）政府辦理。

本辦法除中華民國一百十一年五月十二日修正發布之第四十四條之一自一百十一年一月一日施行外，自發布日施行。