本辦法依植物防疫檢疫法（以下簡稱本法）第十四條第五項規定訂定之。
本法第十四條第一項第三款公告應施隔離檢疫之檢疫物（以下簡稱隔離檢疫物），指有指定隔離檢疫期限之生植株或具繁殖力之營養體。
隔離檢疫物應於植物檢疫機關、指定隔離圃場或由輸入人提供並經植物檢疫機關審查核准之隔離圃場內，實施隔離檢疫。
輸入人輸入隔離檢疫物前，應填具申請書，向植物檢疫機關申請核准。
前項申請書內容，應包括隔離檢疫物學名（包括屬名及種名）或栽培種名、部位、輸出國家或地區及輸入數量。
輸入人提供隔離圃場實施隔離檢疫者，應另檢附下列文件、資料：
一、隔離圃場平面圖、地址（包括地號）、使用土地所有權狀或土地所有人同意使用證明及安全隔離設施。
二、隔離檢疫物種植及管理計畫。
三、輸入後之隔離管制計畫；計畫內容應包括管理人員資料姓名、聯絡電話及隔離管制措施。
第一項申請書或前項應檢附之文件、資料有不全者，植物檢疫機關應通知限期補正；屆期不補正或補正不完備者，不予受理。
隔離圃場應符合下列各款條件之一者：
一、隔離田：
（一）田區周圍設置圍籬，與外界區隔。
（二）周圍五十公尺內未栽植同科植物。
（三）出入口上鎖，並有專職負責人員，且管制車輛出入。
二、溫室或網室：
（一）以不透水材質覆蓋屋頂。
（二）四周、對外通氣孔、窗戶及其他所有網洞均以孔隙直徑零點六毫米以下之細網與外界分隔。
（三）管制人員進入處設置人員手部及鞋底消毒設施。
（四）出入口上鎖，並有專職負責人員出入管制。
（五）地面未有雜草及土壤；其為透水地面者，應設有離地三十公分以上植床。
隔離檢疫物經植物檢疫機關判定具蟲媒病害風險者，其隔離圃場應符合前項第二款規定。
輸入人提供隔離圃場實施隔離檢疫之申請案，植物檢疫機關應派員至隔離圃場實地查核；經實地查核不符合前條第一項規定者，植物檢疫機關應令其限期改善，屆期未改善者，不予核准。
前項改善期間，以二個月為限。
隔離檢疫物之輸入申請，經植物檢疫機關審查核准者，發給輸入同意文件。
輸入同意文件有效期間，以核發日起算，最長以二個月為限。但申請分批輸入者，其有效期間以四個月為限。
第一項核准後，第四條第三項各款內容擬變更時，輸入人應填具申請書，並檢附變更文件、資料，向植物檢疫機關申請核准。
輸入人或其代理人輸入隔離檢疫物時，應檢附輸入同意文件，向植物檢疫機關申報檢疫。
隔離檢疫物於國內運送時，應由植物檢疫機關派員押送或經加封後交由輸入人或其代理人運送；運抵隔離圃場後，非經所在地植物檢疫機關核對無誤，不得開啟、種植。
前項運送所需之交通工具及其相關費用，由輸入人或其代理人提供或負擔。
隔離檢疫物於隔離檢疫期間，輸入人應依核准之內容管理，並依下列規定辦理：
一、隔離檢疫物之全部、部分及其衍生物，未經植物檢疫機關同意，不得擅自移出隔離圃場。
二、人員進出隔離圃場與相關肥料、藥劑、栽培介質及資材進出及使用時，應留有紀錄備查。
三、使用過之栽培介質、資材、產生之廢液廢水及植物殘體應集中，並以植物檢疫機關規定之消毒方法消毒後，始得丟棄或排出，並應留有紀錄備查。
四、有移出入其他檢疫物情形，應經植物檢疫機關同意。
五、發現隔離檢疫物死亡或感染有害生物時，應立即通知植物檢疫機關，並依檢疫人員指導處置，或由植物檢疫機關逕行處置；其所需費用由輸入人負擔。
輸入人提供之隔離圃場應保持安全隔離設施完整性，不得擅自變更。有損壞或其他因素致不符合第五條規定時，應通知植物檢疫機關人員，並立即採取安全處理措施。
隔離檢疫物於植物檢疫機關或指定之隔離圃場內實施隔離檢疫者，輸入人應依相關規定支付費用。
隔離檢疫物隔離檢疫期間，植物檢疫機關應依下列規定，派員檢查植物生長情形及病蟲害發生狀況：
一、草本類植物：每個月至少檢查一次。
二、木本類植物：每三個月至少檢查一次。
隔離檢疫物於隔離檢疫期間，經植物檢疫機關發現有下列情形之一者，應評定檢疫不合格，並予銷燬：
一、感染本法第十四條第一項第一款規定公告禁止輸入之有害生物。
二、感染本法第十四條第一項第二款規定公告依檢疫條件管理之有害生物，且無消毒方法。
三、感染未確定存在我國之有害生物，且無消毒方法。
四、感染前三款以外之有害生物，經判定有危險性，且無消毒方法。
五、違反第八條第二項規定，隔離檢疫物運抵隔離圃場後，未經所在地植物檢疫機關核對無誤，即行開啟、種植。
六、違反第九條第一項第一款規定，未經植物檢疫機關同意，擅自將隔離檢疫物移出隔離圃場。
七、違反第九條第一項第二款至第五款或同條第二項之管理措施，經植物檢疫機關通知限期改善，屆期未完成改善。
隔離期滿未有前項不合格情形者，應評定檢疫合格。
隔離檢疫物於植物檢疫機關或指定之隔離圃場內實施隔離檢疫，經評定檢疫合格者，植物檢疫機關應通知輸入人限期將隔離檢疫物移出隔離圃場；屆期不移出者，由植物檢疫機關逕予處置，所需費用，由輸入人負擔。
檢疫物輸入時，經檢疫發現感染有害生物而無法立即鑑定，或輸入之生植株或具繁殖力之營養體無法鑑定植物種類者，準用本辦法規定辦理隔離檢疫。
前項檢疫物之隔離檢疫，應於植物檢疫機關或其指定之隔離圃場內實施。
第一項檢疫物，於隔離檢疫期間經植物檢疫機關確認有害生物種類或可鑑定植物種類後，得解除隔離檢疫管制，並依其檢疫結果予以放行，或依本法第十九條規定，命輸入人限期消毒、銷燬、退運或為其他必要之處置。
本辦法自發布日施行。