本辦法依動物傳染病防治條例（以下簡稱本條例）第三十四條之三第二項及植物防疫檢疫法（以下簡稱本法）第十七條第五項規定訂定之。

本辦法所稱自由貿易港區（以下簡稱自由港區）指自由貿易港區設置管理條例第三條第一款所稱之自由港區。

國外動物應施檢疫物依本條例第三十四條之三第二項規定申請進儲自由港區者，應依本條例第三十三條第三項所定準則辦理檢疫。

國外植物應施檢疫物依本法第十七條第五項規定申請進儲自由港區者，應依本法第十四條第一項第二款公告之檢疫條件辦理檢疫。<br />

國外動物應施檢疫物進儲自由港區時，輸入人或其代理人應填具申請書，並檢附依本條例第三十三條第三項所定準則規定之文件，向輸出入動物檢疫機關申請檢疫。

國外植物檢疫物進儲自由港區時，輸入人或其代理人應填具申請書，並檢附下列文件向植物檢疫機關申請檢疫：
一、輸出國植物檢疫證明書。但經植物檢疫機關公告免繳驗者，不在此限。
二、提貨單。
三、貨品進口報單。
四、切結書，及進儲使用計畫或證明文件。

前條第一項規定之文件及第二項第一款規定之輸出國植物檢疫證明書，得免記載收貨人；該文件及植物檢疫證明書所載到達地為第三國家、地區者，輸出入動物檢疫機關及植物檢疫機關於檢疫完成後影印留存，正本發還輸入人或其代理人；其有再輸往課稅區之需求，應依本條例第三十四條第一項及本法第十七條第一項規定完成檢疫程序及報關，始得進入課稅區。

國外動物應施檢疫物及植物檢疫物經檢疫合格者，始得進儲自由港區；不合格者，動物應施檢疫物應依本條例第三十二條之一及第三十四條之二規定辦理，植物檢疫物應依本法第十八條、第十八條之一及第十九條規定辦理。

進儲自由港區之動物應施檢疫物及植物檢疫物，輸出入動物檢疫機關及植物檢疫機關執行檢疫時，除應審查書面資料外，得依風險程度實施逐批或抽批臨場檢疫。

本辦法自發布日施行。