認證機構除應符合國際標準化組織（International Organization for Standardization, ISO）及國際電工委員會（International Electrotechnical Commission, IEC）共同發行之ISO／IEC 17011建立及實施查驗機構認證評鑑制度之資格，並應符合下列條件之一：
一、國際認證論壇（International Accreditation Forum, IAF）會員。
二、已簽訂國際溫室氣體多邊相關承認協議。
三、其他經中央主管機關認可之國際或區域性驗證機構認證組織之會員或附屬會員。

執行溫室氣體查驗機構認證業務之機關（構）應檢具下列文件，報請中央主管機關核可，始得作為中央主管機關委託之認證機構：
一、前條資格證明文件影本。
二、品質手冊。
三、辦理查驗機構認證、評鑑及監督作業規範及程序。
四、其他中央主管機關指定文件。

認證機構之認證業務如下：
一、受理及審查查驗機構申請認證之案件。
二、依認證合格之查驗項目發給查驗機構認證證書。
三、對經其認證合格之查驗機構實施評鑑及監督作業。
四、其他經中央主管機關公告與認證有關之業務。

認證機構執行認證業務時，應遵循下列規定：
一、依中央主管機關核可之品質手冊及認證、評鑑及監督作業規範及程序。
二、前款文件有增刪修訂之必要，應於變更後十五日內檢附修正前後對照表送中央主管機關。
三、發生暫時終止、終止及撤銷查驗機構認證資格，或減列查驗類別及項目之情事，應通知中央主管機關。
四、應於每年三月三十一日前，向中央主管機關提送前一年度之執行成果報告。
五、依中央主管機關核可之品質手冊保存年限規定，保存認證相關作業之紀錄。

前項第四款執行成果報告應包含下列項目：
一、前一年接受外部評鑑或稽核之報告及處理結果。
二、前一年對查驗機構之評鑑及處置結果。
三、與認證業務相關之申訴紀錄及辦理情形。
四、評鑑人力之遴選、訓練、派遣及考核紀錄。
五、其他經中央主管機關指定之項目。

中央主管機關得不定期派員攜帶證明文件，進入認證機構或認證現場進行稽查作業，稽查時認證機構應提供必要文件及說明資料。

認證機構有下列情形之一者，中央主管機關得停止委託其認證業務：
一、違反第三條所定資格、條件或第七條規定。
二、未依第六條第一項第一款執行認證業務，經中央主管機關通知限期改善，屆期未完成改善。
三、經中央主管機關稽查認有足以影響認證品質之重大缺失。
四、自行停止認證業務、停業、歇業或解散。