公民投票之管轄法院，依下列之規定：
一、第一審全國性公民投票訴訟，專屬中央政府所在地之高等行政法院管轄；第一審地方性公民投票訴訟，由公民投票行為地之該管高等行政法院管轄，其行為地跨連或散在數高等行政法院管轄區域內者，各該高等行政法院均有管轄權。
二、不服高等行政法院第一審裁判而上訴、抗告之公民投票訴訟事件，由最高行政法院管轄。

有下列情事之一者，檢察官、提案人之領銜人得於投票結果公告之日起十五日內，以各該選舉委員會為被告，向管轄法院提起公民投票投票無效之訴：
一、各級選舉委員會辦理公民投票違法，足認有影響投票結果之虞。
二、對於提案領銜人、有公民投票權人或辦理公民投票事務人員施以強暴、脅迫或其他非法方法，妨害公民投票之宣傳、自由行使投票權或執行職務，足認有影響投票結果之虞。
三、有違反第三十六條、第三十七條、刑法第一百四十六條第一項、第二項規定之情事，足認有影響投票結果之虞。

前項公民投票投票無效之訴經判決確定者，不因同一事由經刑事判決無罪而受影響。

公民投票投票無效之訴，經法院判決無效確定者，其公民投票之投票無效，並定期重行投票。其違法屬公民投票之局部者，局部之公民投票投票無效，並就該局部無效部分定期重行投票。但局部無效部分顯不足以影響結果者，不在此限。

前項重行投票後，變更投票結果者，依第三十條之規定辦理。

公民投票案之通過或不通過，其票數不實足以影響投票結果者，檢察官、公民投票案提案人之領銜人，得於投票結果公告之日起十五日內，以該管選舉委員會為被告，向管轄法院提起確認公民投票案通過或不通過之訴。

公民投票案通過或不通過確認之訴，經法院判決確定，變更原投票結果者，主管機關應於法院確定判決送達之日起七日內，依第三十條、第三十一條之規定辦理。

投票權人發覺有構成公民投票投票無效、公民投票案通過或不通過無效之情事時，得於投票結果公告之日起七日內，檢具事證，向檢察官舉發之。

公民投票訴訟不得提起再審之訴；各審受理之法院應於六個月內審結。

主管機關駁回公民投票提案、認定連署不成立或於法定期間內不為決定者，提案人之領銜人得依法提起行政爭訟。

公民投票訴訟程序，除本法規定者外，適用行政訴訟法之規定。

高等行政法院實施保全證據，得囑託地方法院為之。

民事訴訟法第一百十六條第三項規定，於保全證據時，得準用之。