國防部對本院之監督權限如下：
一、十年期國防科技發展構想與五年期國防科技研究、應用及產製計畫之核定。
二、規章、年度營運（業務）計畫與預算、年度執行成果及決算報告書之核定或備查。
三、財產、財務及國家機密保護狀況之檢查。
四、營運績效之評鑑。
五、董事、監事之遴選及建議。
六、董事、監事於執行業務違反法令時，得為必要之處分。
七、本院違反憲法、法律、法規命令時，予以撤銷、變更、廢止、限期改善、停止執行或為其他處分。
八、自有不動產處分或設定負擔之核可。
九、其他依法律所為之監督。

國防部應要求本院參加與國防科技研究、應用與產製作業相關之重大建軍規劃會議，並得視建軍構想與兵力整建計畫之規劃情形，頒布國防科技發展之指導。

本院應依前項之指導，擬具十年期國防科技發展構想與五年期國防科技研究、應用、產製計畫及年度營運計畫、預算。

國防部應邀集有關機關代表、學者專家及社會公正人士，辦理本院之績效評鑑。

前項績效評鑑之方式、程序及其他相關事項之辦法，由國防部定之。

績效評鑑之內容如下：
一、本院年度執行成果之考核。
二、本院業務績效及目標達成率之評量。
三、本院經費核撥之建議。
四、其他有關事項。

第一項績效評鑑人員單一性別比例不得少於四分之一。

評鑑人員應就國防部至各受評鑑單位初評結果實施複評，並得視需要實地查證，將查證內容與評鑑依據及理由載明於評鑑報告。

本院應依本條例第二十條第二項之指導，每四年訂定十年期國防科技發展構想與每年訂定五年期國防科技研究、應用及產製計畫，並報請國防部核定。

本院應訂定年度營運（業務）計畫及其預算，提經董事會通過後，報請國防部備查。

會計年度終了後二個月內，本院應將營運成果及收支決算報告，委託會計師查核簽證，提交董事會審議，並經監事通過後，報請國防部備查，及送審計機關。

前項決算報告，審計機關得審計之，審計結果得送國防部或其他相關機關為必要之處理。