機場、港口免稅商店所僱用之人員進出機場、港口管制區，應遵守有關國際機場、港口安全秩序維護之規定。
免稅商店應指定專人代表免稅商店辦理有關保稅事項，並報經監管海關核備。
免稅商店符合貨棧貨櫃集散站保稅倉庫物流中心及海關指定業者實施自主管理辦法規定者，得向海關申請核准實施自主管理。
免稅商店之保稅貨物，應存儲於專供存儲其免稅商店銷售貨物之同一法人自用保稅倉庫，其設立、管理及貨物進出應依保稅倉庫設立及管理辦法之規定辦理。
免稅商店之保稅貨物，如需維修、退貨、轉售及退運出口等，應移運至其自用保稅倉庫辦理。
免稅商店依本辦法自行設計印製之有關憑證報表、各項會計簿籍，應以電腦處理，並採永續盤存制存貨制度，逐日逐筆詳細即時建檔登載進、銷貨有關資料，以備海關及主管稽徵機關稽查。
免稅商店、預售中心、提貨處及其自用保稅倉庫間貨物之移運，應繕具「移倉申請書」，傳輸至關港貿單一窗口，經系統回應記錄有案憑以移運，並檢附裝箱單，經監視關員核對無訛加封或押運。如因天災、事變、不可抗力或連線中斷等事由，致未能連線傳輸者，應先報請監管海關核准先行移運，並於連線恢復後儘速補傳。
前項移倉運送應以保稅運貨工具為之，依海關管理保稅運貨工具辦法規定辦理。但免稅商店、提貨處及其自用保稅倉庫均設於同一機場、港口管制區內者，不適用之。
免稅商店之保稅貨物，其存儲期限自最初進儲其自用保稅倉庫之日起算以二年為限，屆期仍未售出，應退運出口，或自期限屆滿之翌日起三十日內，辦理補稅銷帳。但經免稅商店監管海關核准者，得延長一年。
前項經海關核准延長次數，除因天災、事變或其他不可抗力之事由外，以一次為限。。
免稅商店銷貨時，應要求購貨人出示護照、旅行證件、登機（船）證或外僑居留證，經核對旅客身分無訛後，始得銷售。
免稅商店銷貨時，應以二聯售貨單詳細登記購貨人護照、旅行證件號碼或外僑居留證統一證號、飛行航次或輪船航次、出售貨物之名稱、廠牌、型號、規格、商品編號、數量、單價、所收貨幣種類、金額及銷售日期後，並經購貨人簽名。但設在國際機場、港口管制區內之免稅商店，銷貨時，其售貨單得免填列購貨人護照、旅行證件號碼或外僑居留證統一證號、飛行航次或輪船航次，及免經購貨人簽名。
前項出售貨物之貨物名稱、廠牌、型號、規格、商品編號、數量、單價以電腦條碼標示者，可免填報。
第二項售貨單，第一聯以電腦列印交購貨人收執，第二聯由免稅商店以電腦列印或電子儲存備查，並應將相關逐筆資料加以封裝，於網路及電腦主機設備能量有餘裕時，即分批傳輸至關港貿單一窗口電腦系統，並於購貨人提貨完成時憑關港貿單一窗口回復傳輸成功訊息始得除帳。
前項售貨單，報經監管海關核准者，得以電子媒體儲存備查，供監管海關及主管稅捐稽徵機關使用。監管海關及主管稅捐稽徵機關必要時得調閱查核免稅商店保存備查之第二聯售貨單。
售貨單由免稅商店依本條規定，自行設計格式，於報經監管海關及主管稽徵機關核可後使用。<br />
機場、港口免稅商店之市區預售中心及市區免稅商店出售之貨物，須由購貨人報運出口者，應按普通貨物出口報關手續填送出口報單並檢附航空或輪船公司旅客證明文件。
免稅商店銷貨所需之贈品、試用品、包裝盒、包裝紙袋（材料）等非銷售貨物之通關、進儲、領用及贈送作業，依下列方式辦理，始得除帳：
一、應於進儲報單申報註明非銷售貨物，並設專帳控管專區存儲，且外包裝上應有明顯標示。
二、贈品贈與旅客時，應開立售貨單並將該贈品資料傳輸至關港貿單一窗口。其他非銷售貨物應填具「非銷售貨物申請領用單」，並經海關核備之有權領用人員簽署後，始得使用。
免稅商店業務經營情形及帳冊、庫存，監管海關及有關稽徵機關得隨時派員前往查核，必要時並予盤存。
免稅商店及其存儲於自用保稅倉庫之保稅貨物，應每年由海關派員會同辦理一次年度盤存。其盤存得事先申請海關核准委由會計師辦理並簽證，海關得派員會同辦理。
年度盤存之盤存日期距上年度盤存日期，最短不得少於十個月，最長不得超過十四個月。其有特殊情形，事先報經監管海關核准者，得酌予提前或延長。但海關認有必要時，得隨時予以盤存。
前項盤存，事後發現錯誤時，得由免稅商店在該項貨物未動用前向海關申請複查，經海關查明屬實者准予更正。但逾盤存之翌日起二週申請者，不予受理。
免稅商店應於盤存之翌日起二個月內，根據上年度結算報告表，本年度盤存清冊、帳冊、進出口報單、移倉申請書及其他進出倉紀錄、報廢數等以電腦編製結算報告表，將盤存清冊及結算報告表以一份紙本二份以電子媒體儲存，送交監管海關審核。但經監管海關核准者，得以電子媒體儲存代替紙本，送交監管海關審核。
免稅商店年度盤存得申請海關核准實施不停工盤存或非上班時間盤存，其實施方式於免稅商店年度盤存作業規定中訂定。申請非上班時間盤存者，應依海關徵收規費規則徵收特別處理費。<br />
免稅商店依前條規定辦理盤存結果，如實際盤存數量與帳面結存數量不符時，依下列規定辦理：
一、實際盤存數量少於帳面結存數量者，應敘明理由，並於接獲海關核發之補稅通知日起十日內，繕具報單補繳進口稅費。
二、實際盤存數量多於帳面結存數量者，應敘明理由。報經監管海關查明原因核實准予更正或依相關規定處理。
免稅商店有關之帳冊及編製之報表，應於年度盤存結案後，保存五年；其有關之憑證保存三年。
前項有關之憑證，免稅商店得於盤存結案後報經監管海關核准，以微縮影片、磁帶或磁碟片等按序攝錄後依規定年限保存，其原始單證得予銷燬。但監管海關進行查案，須複印單證及有關文件時，免稅商店應負責提供，不得拒絕。
免稅商店自行停業或經廢止登記者，其保稅貨物依下列規定辦理：
一、所有保稅貨物，應由海關封存或與免稅商店聯鎖於該商店之倉庫內，海關應不定期派員巡查，必要時得予保管。
二、免稅商店應向監管海關洽訂或由監管海關逕予訂定盤存日期辦理結束盤存，如實際盤存數量與帳面結存數量不符時，依第二十六條規定辦理。
三、經盤存之貨物，監管海關應即按結存數量發單課徵各項稅費。未能依前款規定辨理結束盤存者，海關得逕依帳面結存數量課徵各項稅費。
免稅商店保稅貨物於存儲期間，遭受損失或損壞，經海關查證屬實者，準用本法第五十條及本法施行細則第三十九條規定辦理。
免稅商店保稅貨物於存儲期間，經海關查證業者有非法提運、遺失、遭竊或其他原因致貨物短少者，業者應負責補繳短少之進口稅費。
前項因失竊而致短少之貨物，經向警察機關報案取得證明，報經監管海關查明屬實者，自失竊之翌日起三個月內，按貨物進口（視同進口）時之價格與稅率補稅除帳。失竊貨物尚在追查中者，監管海關得依納稅義務人之申請，准其繳納相當之保證金。其在補稅期限屆滿之翌日起三個月內找回者，退還保證金，屆期仍未找回者即以保證金抵繳稅款結案。