園區事業將貨品輸往課稅區或自課稅區輸入貨品時，依下列規定辦理：
一、屬貿易主管機關公告應申請簽證之貨品，應先向管理局申請核發向課稅區輸出或自課稅區輸入許可證，再向海關申請辦理通關手續。
二、屬經濟部公告之戰略性高科技貨品，應先經管理局核准後，再向海關申請辦理通關手續。
三、讓售自國外輸入免徵進口稅捐、貨物稅及營業稅之自用機器、設備至課稅區，應經管理局核准後，再向海關申請辦理通關手續。
四、前三款以外之貨品，逕向海關申請辦理通關手續。

前項輸往課稅區貨品應依科學園區保稅業務管理辦法相關規定，接受檢查人員之稽查。

園區與課稅區或加工出口區間輸出入之貨品及園區事業間相互交易，以外幣收付者，應透過在指定銀行開立之外匯存款帳戶存撥之。

樣品、廣告品屬輸往課稅區陳列性質者，應在特定場所公開陳列或展覽，並由接受陳列或展覽單位出具收據，且須保證不作其他使用。

在國內陳列之樣品、廣告品日久損壞、已失效或停止生產者，應運回園區保稅範圍內依廢品下腳處理，或按其現值補稅後出售。