本處設政策規劃組、經營輔導組、創業育成組、知識資訊組、財務融通組、秘書室、人事室、政風室及會計室。
政策規劃組分二科辦事，其職掌如下：
一、綜合企劃科：
（一）發展政策研究規劃事項。
（二）年度施政計畫研擬事項。
（三）計畫業務管考事項。
（四）國會質詢綜合答詢事項。
（五）政策審議會秘書作業事項。
（六）產諮會秘書作業事項。
（七）白皮書編纂事項。
（八）統計調查研究事項。
（九）其他綜合業務事項。
二、法務政策科：
（一）本處主管法規之研究、撰擬及修正事項。
（二）本處主管及相關法規之蒐集、整理及編纂事項。
（三）法制業務之協調及聯繫事項。
（四）法規調適作業事項。
（五）興利法規研訂事項。
（六）品質管理系統推動事項。
（七）工作圈推動、出版品事項。
（八）為民服務工作規劃事項。
經營輔導組分設二科辦事，其職掌如下：
一、產業輔導科：
（一）中小企業各功能之輔導體系資源整合協調事項。
（二）中小企業產銷營運管理輔導措施之擬訂及推動事項。
（三）中小企業技術應用能力輔導措施之擬訂及推動事項。
（四）中小企業各類獎項選拔表揚措施之擬訂及推動事項。
（五）協助中小企業參與政府採購之各服務措施推動事項。
二、地方服務科：
（一）地方性中小企業經濟發展輔導事項。
（二）互助合作輔導措施之擬訂、推動及協調事項。
（三）各縣市中小企業服務機構之提供協助事項。
（四）工商團體之發展及聯繫協調事項。
（五）中小企業榮譽指導員（企業服務志工）制度推動事項。
（六）中小企業訪問、諮詢服務及聯誼及有關事項。
創業育成組分二科辦事，其職掌如下：
一、創業促進科：
（一）中小企業創業諮詢服務事項。
（二）中小企業創業創新養成學苑事項。
（三）創業家圓夢坊事項。
（四）與民間合辦創業創新競賽事項。
（五）協助中小企業創業創新技術媒合事項。
（六）參與中小企業國際會議及組織活動事項。
（七）協助友邦中小企業發展事項。
（八）推動中小企業國際合作事項。
（九）外賓接待及參訪安排事項。
二、創新育成科：
（一）育成中心措施之擬訂事項。
（二）學校型、法人型、南港、南科育成中心之推動管理及協調事項。
（三）鼓勵民間設置育成中心之推動管理事項。
（四）強化中小企業創新育成功能各項工作計畫推動執行事項。
（五）中小企業訓練發展措施之擬訂事項。
（六）中小企業人才培訓及輔導專家、輔導服務人員講習訓練事項。
（七）區域研訓中心之推動管理事項。
（八）學習護照之推動管理事項。
知識資訊組職掌如下：
一、資訊小組：
（一）規劃、建置及維護中小企業所需之經營管理資訊事項。
（二）規劃、建置及維護本處內部行政資訊系統事項。
（三）規劃、建置及維護本處業務電腦化、辦公室自動化相關事項。
（四）推動電子化政府相關事項。
（五）規劃及執行本處人員資訊技術教育訓練事項。
二、資訊應用科：
（一）輔導中小企業推動電子化工作。
（二）輔導中小企業推廣應用知識管理工作。
（三）推動品質提升輔導體系相關事項。
（四）推動資訊管理輔導體系相關事項。
財務融通組其職掌如下：
一、財務支援科：
（一）中小企業財務融通措施之擬訂及推動事項。
（二）中小企業會計制度及財務管理人才培訓事項。
（三）中小企業信用保證業務督導及協助事項。
（四）中小企業互助保證業務督導及協助事項。
（五）中小企業發展基金行政業務事項。
（六）中小企業創業育成信託投資業務推動事項。
（七）中小企業開發公司業務督導及協助事項。
（八）中小企業專案貸款之規劃及推廣事項。
二、馬上解決問題中心：
（一）推動中小企業融資診斷輔導事項。
（二）提供中小企業廠商各類諮詢服務事項。
（三）提供十大輔導體系相關輔導資訊事項。
（四）各項輔導聯合申請服務窗口事項。
（五）申請案件追蹤查詢及統計分析事項。
（六）中小企業融資保證雙軌制業務事項。
（七）中小企業聯合輔導基金督導及協助事項。
（八）中小企業財務金融服務團事項。
會計室職掌如下：
一、本處歲出入概算資料之蒐集彙編及預算之編製事項。
二、本處分配預算之編製及控制執行事項。
三、應付歲出款之申請保留及決算之編製事項。
四、本處有關基金會計制度之擬訂及預決算與財務收支審核、編報事項。
五、原始憑證之審核，記帳憑證之編製，會計簿籍之登記及會計報表之編報事項。
六、本處現金及財務出納保管之檢查事項。
七、採購招標、比價議價、訂約、驗收（交）之監辦事項。
八、工作計畫之執行進度與經費配合之審核分析事項。
九、財務上增進效能及減少不經濟支出之建議事項。
十、統計事項。
十一、會計人事事項。
十二、其他有關歲計會計事項。
秘書室職掌如下：
一、公文總收發、繕校及郵件處理事項。
二、印信典守及檔案管理事項。
三、公文稽催及追蹤之處理事項。
四、一般案件之處理事項。
五、處務會報之處理事項。
六、辦公處所及宿舍之管理事項。
七、財產之管理事項。
八、物品之管理事項。
九、車輛之管理事項。
十、工友之管理事項。
十一、集會之管理事項。
十二、安全之管理事項。
十三、出納之管理事項。
十四、事務管理工作之檢核事項。
十五、相關政府採購業務事項。
十六、新聞聯繫及整體政策行銷事項。
十七、圖書管理事項。
十八、其他有關事務之維護及管理事項。
十九、其他臨時交辦事項。
人事室職掌如下：
一、本處組織法規與人事規章及辦事細則等之修正擬議事項。
二、編制及預算員額之研議事項。
三、職員職務歸系及有關事項。
四、職員任免、遷調、獎懲、銓敘、俸給、撫卹、退休之簽擬及登記事項。
五、職員勤惰及品德之紀錄與出國、訓練、考試、考績（成）、績效獎金之籌辦、簽擬及核轉事項。
六、人事管理之建議、改進及擬辦事項。
七、權責劃分及分層負責之擬辦事項。
八、員工福利之策劃、督導與有關職員津貼、互助及保險等事項。
九、人事資料表件之建立登記保管及上級人事機構交辦事項。
十、其他有關人事相關事項。
政風室職掌如下：
一、本處政風法令之擬定、修正、蒐集及編印事項。
二、本處端正政風及防制貪污工作實施計畫之擬定、推動事項。
三、本處政風法令之宣導、執行及優良政風事蹟表揚事項。
四、本處員工貪瀆不法之預防、發掘及處理檢舉事項。
五、本處防弊措施之研訂、執行及考核事項。
六、本處政風興革建議事項。
七、本處政風考核獎懲建議事項。
八、本處公職人員財產申報事項。
九、本處公務機密維護法令之擬訂、宣導、執行及洩密案件處理事項。
十、本處預防危害破壞事件及協助處理陳情、請願事項。
十一、本處政風人員編制、任免、考績及獎懲之擬議事項。
十二、其他有關政風及交辦事項。