船舶入港，應於到達港區二十四小時前，出港應於發航十二小時前，由船舶所有人或其代理人據實填具船舶入港或出港預報表，載明航線、預定到達時間、吃水、船長、貨運種類、數量、船員人數、隨船人員人數、乘客人數、到達次一港及目的港等相關資料，國際商港應送航港局查核後，交由商港經營事業機構安排船席；國內商港應送航港局或行政院指定之機關（以下簡稱指定機關）查核後安排船席。但遇有緊急情況時，得隨時申請緊急入出港。

國際航線船舶所有人或其代理人除檢附前項所定文件外，應另檢附投保船舶所有人責任保險之文件及壓艙水申報單（如附件）。

國際航線及大陸地區海運直航航線之船舶所有人或其代理人應於發航前及到達前，申報船員名冊及隨船人員名冊；有乘客者，並應申報乘客名冊。

經營貨櫃運送者，應於到達卸貨港五小時前，完成進口貨櫃艙位配置圖之申報。

第一項及第二項入港預報，得由船長以傳真或電報為之。

船舶文書資料，經航港局或指定機關查驗合於規定者，除載客船舶外，船舶所有人或其代理人得於船舶入港前，申辦船舶出港預報單簽證。資料未完備者，船舶所有人或其代理人應於船舶出港後五日內補正，並送航港局或指定機關查驗；船舶所有人或其代理人未補正船舶文書資料前，不得申辦船舶出港預報單簽證。

航港局或指定機關對下列各款船舶進出港，得另定簽證作業要點，不適用第一項、第三項及前項之規定：
一、須在一特定時期內多次入出同一港口之公務船、公民營事業機構之工作船及交通船等船舶。
二、未使用商港船席且未入出境之遊艇。

船舶所有人或其代理人之電腦設備與航港局、商港經營事業機構、指定機關或關港貿單一窗口連線者，船舶入、出港預報及相關資料得以電子資料傳送。

前項電子資料經航港局、商港經營事業機構或指定機關電腦記錄後，視為資料已送達航港局、商港經營事業機構或指定機關，電子資料經電腦記錄之翌日起五年內，船舶所有人或其代理人得查閱其所傳輸之電子資料，並得申請電子資料之傳輸時間及內容證明文件。

船舶申請入港或出港，由船舶所有人或其代理人依有關法令之規定，向各有關機關辦理入出港手續，其預報入出港與實際入出港時間差距以四十八小時為限，逾時應重行申請。

船舶到達國際商港前，應與港口信號台聯絡，經商港經營事業機構指定船席及通知後，始得入港。

船舶到達國內商港前，應與港口信號台聯絡，經航港局或指定機關指定船席及通知後，始得入港。

船舶入港後，船舶所有人或其代理人應於二十四小時內據實填具入港報告單，載明船舶入港目的及船況，送交航港局或指定機關查核。但航港局或指定機關可自電腦設備即時查詢船舶入港動態者，不在此限。

國際商港船舶出港經各有關機關查驗完畢後，應即出港，不得停留船席或滯留港內。船舶出港後十二小時以內，因故回港者，經申請航港局核准及商港經營事業機構指定船席後，始得入港，並補辦相關手續。

國內商港船舶出港經各有關機關查驗完畢後，應即出港，不得停留船席或滯留港內。船舶出港後十二小時以內，因故回港者，經申請航港局或指定機關核准及指定船席後，始得入港，並補辦相關手續。

船舶在港內應緩輪航行，不得與他船並列航行或超越他船，或妨礙他船航行。遇有其他船舶正在從事潛水、測量、浚渫、修理浮標及其他水上或水下作業時，應即避讓或慢速通過。

船舶於進港前或商港區域內，如遇所載危險物品洩漏或事故，且有危害海洋及環境污染、人身傷害、貨物爆炸、起火等影響港區安全之虞時，船舶所有人或船長應主動通報商港經營事業機構、航港局或指定機關，並應優先於船上進行必要處置。

商港經營事業機構、航港局或指定機關必要時得會同有關機關，要求船舶所有人或貨物所有人辦理止漏、換櫃、換艙、轉艙、貨物卸船或駛離港區等必要處置。

因前項應變處置所衍生之費用，應由船舶所有人或貨物所有人負擔。