呼吸治療師公會之主管機關為人民團體主管機關。但其目的事業，應受主管機關之指導、監督。

呼吸治療師公會分直轄市及縣（市）公會，並得設呼吸治療師公會全國聯合會。

呼吸治療師公會會址應設於各該公會主管機關所在地。但經各該主管機關核准者，不在此限。

呼吸治療師公會之區域，依現有之行政區域；在同一區域內，同級之公會以一個為限。

直轄市、縣（市）呼吸治療師公會，由該轄區域內呼吸治療師二十一人以上發起組織之；其未滿二十一人者，得加入鄰近區域之公會。

呼吸治療師公會全國聯合會之設立，應由直轄市及七個以上之縣（市）呼吸治療師公會完成組織後，始得發起組織。

呼吸治療師公會置理事、監事，均於召開會員（會員代表）大會時，由會員（會員代表）選舉之，並分別成立理事會、監事會，其名額如下：
一、縣（市）呼吸治療師公會之理事不得超過十五人。
二、直轄市呼吸治療師公會之理事不得超過二十五人。
三、呼吸治療師公會全國聯合會之理事不得超過三十五人。
四、各級呼吸治療師公會之理事名額不得超過全體會員（會員代表）人數二分之一。
五、各級呼吸治療師公會之監事名額不得超過各該公會理事名額三分之一。

各級呼吸治療師公會得置候補理事、候補監事，其名額不得超過各該公會理事、監事名額三分之一。

理事、監事名額在三人以上時，得分別互選常務理事及常務監事；其名額不得超過理事或監事總額三分之一，並應由理事就常務理事中選舉一人為理事長；其不置常務理事者，就理事中互選之。常務監事在三人以上時，應互選一人為監事會召集人。

理、監事任期均為三年，其連選連任者不得超過二分之一；理事長之連任，以一次為限。

呼吸治療師公會全國聯合會理事、監事之當選，不以直轄市、縣（市）呼吸治療師公會選派參加之會員代表為限。

直轄市、縣（市）呼吸治療師公會選派參加其全國聯合會之會員代表，不以其理事、監事為限。

呼吸治療師公會每年召開會員（會員代表）大會一次，必要時得召集臨時大會。

呼吸治療師公會會員人數超過三百人以上時，得依章程之規定就會員分布狀況劃定區域，按其會員人數比率選出代表，召開會員代表大會，行使會員大會之職權。

呼吸治療師公會應訂立章程，造具會員名冊及選任職員簡歷冊，送請所在地人民團體主管機關立案，並分送中央及直轄市、縣（市）主管機關備查。

呼吸治療師公會全國聯合會應訂定呼吸治療師倫理規範，提經會員（會員代表）大會通過後，報請中央主管機關備查。

各級呼吸治療師公會之章程應載明下列事項：
一、名稱、區域及會所所在地。
二、宗旨、組織及任務。
三、會員之入會及出會。
四、會員代表之產生及其任期。
五、理事、監事名額、權限、任期及其選任、解任。
六、會員（會員代表）大會及理事會、監事會會議之規定。
七、會員應遵守之公約。
八、經費及會計。
九、章程之修改。
十、其他依法令規定應載明或處理會務之必要事項。

直轄市、縣（市）呼吸治療師公會對呼吸治療師公會全國聯合會之章程及決議，有遵守義務。

呼吸治療師公會有違反法令、章程或其全國聯合會章程、決議者，人民團體主管機關得為下列處分：
一、警告。
二、撤銷其決議。
三、撤免其理事、監事。
四、限期整理。

前項第一款、第二款處分，亦得由主管機關為之。

呼吸治療師公會會員有違反法令或章程之行為者，公會得依章程、理事會、監事會或會員（會員代表）大會決議予以處分。