驗證機構辦理驗證業務，應遵行下列事項：
一、執行驗證工作所得資訊，妥予保密。
二、組織運作及立場，維持公正獨立。
三、適當處理食品業者之申訴或陳情，作成紀錄，並以書面回復。
四、訂定驗證證明書之核發及管理程序。
五、驗證機構之組織架構、執行驗證之相關部門主管、稽核員或第四條第一項第三款名冊異動時，檢附相關資料，報請中央主管機關備查。
六、辦理稽核員相關查核技巧、食品衛生安全及相關法令之教育訓練，並對該人員定期考核及紀錄。
七、稽核員每年接受中央主管機關自行或認可機構辦理之驗證實務及相關法令教育訓練至少六小時；稽核員每年執行驗證至少十場次。
八、稽核員名單登錄於食品衛生安全管理認證及驗證資訊系統；其有異動時，即時更新。
九、提供申請驗證之食品業者查詢驗證進度。
十、對辦理驗證工作所得或所生之資料，至少保存六年。

驗證機構董（理）事、監察人（監事）、負責人、執行長或具管理事務、簽署驗證報告權之人員，其同時於食品業者擔任相關職務時，驗證機構不得受理該食品業者之驗證申請。

執行驗證之稽核員，受派稽核案件時，應遵守行政程序法規定。

有第一項情事者，驗證機構應通知中央主管機關，並由驗證資訊系統重新擇定驗證機構。

中央主管機關對驗證機構每年至少辦理實地評鑑及見證評鑑各一次。

前項評鑑，驗證機構不得規避、妨礙或拒絕。

第一項見證評鑑，由中央主管機關派員隨同驗證機構之稽核員，至驗證現場，觀察及評定其查核能力。

驗證機構有下列情形之一者，中央主管機關得撤銷或廢止其認證：
一、提供虛偽不實文件、資料或以其他不正當方法取得認證資格。
二、擅自將全部或部分驗證業務移轉至其他機構辦理。
三、驗證紀錄或相關文件、資料登載不實。
四、以不正當方式招攬業務。
五、違反第七條第一款、第二款、第十款、第八條或前條第二項規定。

驗證機構有下列情形之一，經命其限期改正，屆期不改正者，得停止其全部或部分驗證業務；情節重大者，得廢止其認證：
一、未依食品衛生安全管理系統認證及驗證收費辦法規定，收取驗證費用。
二、未符合第三條或第六條第三項規定。
三、違反第七條第三款至第九款規定之一。
四、未依第十四條第三項自訂之期限，辦理食品業者之驗證。
五、違反本法或其他法律，經中央主管機關認定應停止執行驗證。

經撤銷或廢止驗證機構認證者，應停止使用認證證書，並於撤銷或廢止次日起一個月內繳回該證書；未繳回證書者，由中央主管機關逕為註銷。

前項驗證機構，應將已完成及辦理中全部驗證案件之完整文件、資料及檔案返還中央主管機關，或依中央主管機關之指示移轉至特定驗證機構；未持續取得認證者，亦同。

驗證機構經撤銷或廢止認證者，應自撤銷或廢止之次日起一年後，始得重新申請認證。