有下列情形之一者，處三年以下有期徒刑，或科或併科新臺幣六百萬元以上三千萬元以下罰金：
一、未依第十八條第一項或第二十條第二項之主管機關所定期限直航至指定港口。
二、違反第二十一條規定將漁船駛出港口，且未依主管機關所定期限直航至指定港口。
法人之代表人、法人或自然人之代理人、受僱人或其他從業人員，因執行業務，犯前項之罪者，除處罰其行為人外，對該法人或自然人亦科以前項之罰金。
經營者或從業人第一次有第一項各款所定情形之一者，主管機關得收回經營者之漁業證照二年以下，或廢止之；經收回漁業證照者，第二次有各該情形之一，廢止其漁業證照。
從業人第一次有第一項各款所定情形之一者，主管機關得收回其漁船船員手冊及幹部船員執業證書二年以下，或廢止之；經收回漁船船員手冊及幹部船員執業證書者，第二次有各該情形之一，廢止其漁船船員手冊及幹部船員執業證書。
經營者或從業人有第十三條第一項重大違規行為之一者，依下列規定處經營者罰鍰，並得收回其漁業證照二年以下，或廢止之：
一、總噸位五百以上漁船：處新臺幣六百萬元以上三千萬元以下罰鍰。
二、總噸位一百以上未滿五百漁船：處新臺幣四百萬元以上二千萬元以下罰鍰。
三、總噸位五十以上未滿一百漁船：處新臺幣二百萬元以上一千萬元以下罰鍰。
四、總噸位未滿五十漁船：處新臺幣一百萬元以上五百萬元以下罰鍰。
依前項規定所處罰鍰低於漁獲物或漁產品之價值者，按該漁獲物或漁產品之價值處以最高五倍之罰鍰。
經營者或從業人最近三年內有第十三條第一項之同款重大違規行為達二次以上，或有第十三條第一項之重大違規行為達三次以上者，依下列規定處經營者罰鍰，並收回其漁業證照二年以上三年以下，或廢止之：
一、總噸位五百以上漁船：處新臺幣九百萬元以上四千五百萬元以下罰鍰。
二、總噸位一百以上未滿五百漁船：處新臺幣六百萬元以上三千萬元以下罰鍰。
三、總噸位五十以上未滿一百漁船：處新臺幣三百萬元以上一千五百萬元以下罰鍰。
四、總噸位未滿五十漁船：處新臺幣一百五十萬元以上七百五十萬元以下罰鍰。
依前項規定所處罰鍰低於漁獲物或漁產品之價值者，按該漁獲物或漁產品之價值處以最高八倍之罰鍰。
從業人有第十三條第一項重大違規行為之一者，依下列規定處罰鍰，並得收回其漁船船員手冊及幹部船員執業證書二年以下，或廢止之：
一、總噸位五百以上漁船：處新臺幣一百二十萬元以上六百萬元以下罰鍰。
二、總噸位一百以上未滿五百漁船：處新臺幣八十萬元以上四百萬元以下罰鍰。
三、總噸位五十以上未滿一百漁船：處新臺幣四十萬元以上二百萬元以下罰鍰。
四、總噸位未滿五十漁船：處新臺幣二十萬元以上一百萬元以下罰鍰。
從業人最近三年內有第十三條第一項之同款重大違規行為達二次以上，或有第十三條第一項之重大違規行為達三次以上者，依下列規定處罰鍰，並廢止其漁船船員手冊及幹部船員執業證書：
一、總噸位五百以上漁船：處新臺幣一百八十萬元以上九百萬元以下罰鍰。
二、總噸位一百以上未滿五百漁船：處新臺幣一百二十萬元以上六百萬元以下罰鍰。
三、總噸位五十以上未滿一百漁船：處新臺幣六十萬元以上三百萬元以下罰鍰。
四、總噸位未滿五十漁船：處新臺幣三十萬元以上一百五十萬元以下罰鍰。
第二項及第四項漁獲物或漁產品之價值，以該漁獲物或漁產品前三年之國內市場平均價格計算之。
非我國籍漁船有下列情事之一者，處行為人新臺幣六百萬元以上三千萬元以下罰鍰：
一、違反第二十二條第一項規定，未經主管機關許可進入我國港口。
二、規避、妨礙或拒絕主管機關依第二十三條第一項之檢查，或對檢查人員之詢問，拒不答覆或為虛偽之陳述。
非我國籍漁船最近三年內有前項之同款違規情事達二次以上，或有前項之違規情事達三次以上者，處行為人新臺幣九百萬元以上四千五百萬元以下罰鍰。
非我國籍漁船違反第二十二條第三項所定辦法有關卸魚通報、卸魚區域、卸魚時間、管理之規定者，處行為人新臺幣五十萬元以上二百五十萬元以下罰鍰。
依前三項規定所處之罰鍰未依限期繳納者，主管機關得禁止該船出港。但經提供相當擔保者，不在此限。
主管機關依第二十三條第一項檢查後發現為無國籍船舶時，應沒入該船與其載運之漁獲物及漁產品，並銷毀該漁獲物及漁產品。
遠洋漁業相關業者有下列情事之一者，處新臺幣六百萬元以上三千萬元以下罰鍰：
一、違反第二十五條第三項規定，未經核准從事遠洋漁業漁獲物或漁產品出口。
二、有第十三條第一項第十一款、第十四款、第十五款、第十七款至第十九款重大違規行為之一。
遠洋漁業相關業者從事遠洋漁業漁獲物或漁產品出口違反第二十五條第四項所定辦法中有關採購銷售漁獲物或漁產品之申報、核銷之規定者，處新臺幣二百萬元以上一千萬元以下罰鍰。
遠洋漁業相關業者有第一項第二款或前項所定情事之一者，主管機關應暫停其從事遠洋漁業漁獲物及漁產品出口資格二年以下，或廢止之。
依第一項或第二項規定所處罰鍰低於漁獲物或漁產品之價值者，按該漁獲物或漁產品之價值處以最高五倍之罰鍰。
遠洋漁業相關業者三年內有第一項第一款或第二款所列第十三條第一項同款情事達二次以上，或有第一項情事達三次以上者，處新臺幣九百萬元以上四千五百萬元以下罰鍰，並暫停其從事遠洋漁業漁獲物及漁產品出口資格二年以上三年以下，或廢止之。
依前項規定所處罰鍰低於漁獲物或漁產品之價值者，按該漁獲物或漁產品之價值處以最高八倍之罰鍰。
第四項及第六項漁獲物或漁產品之價值，以該漁獲物或漁產品前三年之國內市場平均價格計算之。
經營者、從業人及遠洋漁業相關業者以外之中華民國人，有第十三條第一項各款重大違規行為之一者，處新臺幣三百萬元以上一千五百萬元以下罰鍰；違反第十四條第一項規定者，處新臺幣二百萬元以上一千萬元以下罰鍰。
經營者、從業人及遠洋漁業相關業者以外之中華民國人，最近三年內有第十三條第一項之同款重大違規行為達二次以上，或有第十三條第一項之重大違規行為達三次以上者，處新臺幣四百五十萬元以上二千二百五十萬元以下罰鍰；最近三年內違反第十四條第一項規定達三次以上者，處新臺幣三百萬元以上一千五百萬元以下罰鍰。
拒絕主管機關依第十五條之要求提供資料者，處新臺幣二百萬元以上一千萬元以下罰鍰；最近一年內有該情形達二次以上者，處新臺幣三百萬元以上一千五百萬元以下罰鍰。
經營者或從業人有前項前段情形者，主管機關應收回經營者之漁業證照二年以下，或廢止之；有前項後段情形者，主管機關應收回經營者之漁業證照二年以上三年以下，或廢止之。
從業人有第一項前段情形者，主管機關應收回其漁船船員手冊及幹部船員執業證書二年以下，或廢止之；經收回漁船船員手冊及幹部船員執業證書且有第一項後段情形者，廢止其漁船船員手冊及幹部船員執業證書。
經營者或從業人有下列情事之一者，處經營者新臺幣五十萬元以上二百五十萬元以下罰鍰，並得收回其漁業證照二年以下，或廢止之：
一、違反第十條第二項所定辦法中有關重大違規行為以外之漁船作業管理之規定。
二、違反第十一條第三項所定辦法中有關轉載、港口卸魚之通報事項、程序或查核之規定。
三、違反第十二條第三項所定辦法中有關漁業活動項目、合作方式之規定。
四、違反第二十四條第二項所定辦法中有關特別管理措施之對外漁業合作限制、船位回報頻率、漁獲通報、卸魚檢查、轉載限制之規定。
五、違反第三十一條第三項所定辦法中有關許可條件、期間、管理之規定。
經營者或從業人最近一年內有前項同一違規事由情事達二次以上，或前項之違規情事達三次以上者，處經營者新臺幣七十五萬元以上三百七十五萬元以下罰鍰，並得收回經營者之漁業證照二年以下，或廢止之。
從業人有第一項各款情事之一者，處新臺幣十萬元以上五十萬元以下罰鍰，並得收回其漁船船員手冊及幹部船員執業證書二年以下，或廢止之。
從業人最近一年內有第一項同一違規事由情事達二次以上，或第一項之違規情事達三次以上者，處新臺幣十五萬元以上七十五萬元以下罰鍰，並得收回其漁船船員手冊及幹部船員執業證書二年以下，或廢止之。
未經核准從事非我國籍船員之仲介業務者，處新臺幣四百萬元以上二千萬元以下罰鍰。
仲介機構違反第二十六條第三項所定辦法中有關仲介機構與經營者、非我國籍船員雙方權益事項、契約內容、管理責任之規定者，處新臺幣一百萬元以上五百萬元以下罰鍰，並得廢止仲介機構仲介非我國籍船員之資格及沒入保證金。
有下列情事之一者，處經營者新臺幣五萬元以上二十五萬元以下罰鍰，並得收回經營者之漁業證照一年以下：
一、違反第二十六條第一項規定，未經許可在境外僱用非我國籍船員。
二、違反第二十六條第三項所定辦法中有關經營者與非我國籍船員雙方權益事項、契約內容、管理責任之規定。
依第三十六條第一項、第二項、第三十八條第一項、第二項、第四項、第三十九條第一項及第四十一條第一項規定所為之處罰，其捕撈、載運、買賣或代理銷售之漁獲物、漁產品或漁具，不問屬於何人所有，得沒入之。
依第三十六條第三項、第四項、第三十八條第五項、第六項、第三十九條第二項及第四十一條第二項規定所為之處罰，其捕撈、載運、買賣或代理銷售之漁獲物、漁產品或漁具，不問屬於何人所有，沒入之。
依第三十六條規定所為之處罰，其捕撈或載運之漁船，不問屬於何人所有，得沒入之。
為前三項之沒入，如全部或一部不能沒入時，追徵其價額。
依前條規定沒入之漁船，係經國際漁業組織列入非法、未報告及不受規範漁撈作業漁船名單者，主管機關得向航政機關辦理登記、廢止登記與註銷船舶國籍證書及相關證書。
本條例施行前，依漁業法規定撤銷漁業證照，且為國際漁業組織列入非法、未報告及不受規範漁撈作業漁船名單之漁船，經主管機關限期命其返回國內港口，逾期未返港者，主管機關得沒入漁船，並向航政機關辦理登記、廢止登記與註銷船舶國籍證書及相關證書。
主管機關得公布依第三十五條第三項、第四項、第三十六條至第四十一條所為處罰之受處分者姓名或公司名稱、國民身分證統一編號、地址、中英文船名、漁船統一編號及違規事由。