輸歐盟之漁獲物，其捕撈漁船及運搬船於漁撈作業期間均應通過歐盟衛生評鑑，並完成歐盟登錄，並應符合第二十條規定。

申請輸歐盟漁獲證明書者，應依規定格式填具申請書，並檢附下列文件，向主管機關提出：
一、第四條第一項第二款申請人，其可追溯至經營者之買賣流程紀錄及相關交易證明資料。
二、漁獲物或漁產品出口運輸單據影本。
三、該批漁獲物或漁產品已請領捕撈合法證明書者，其捕撈合法證明書正本。

前項申請經審查無誤後，發給輸歐盟漁獲證明書。

主管機關為確認輸歐盟漁獲證明書中港內轉載簽署欄位之真實性，得聯繫港口國權責機關確認簽署資訊；其於三十日內未獲港口國權責機關確認者，應駁回申請。

有下列情形之一者，不予核發輸歐盟漁獲證明書：
一、有第十條第一款至第四款，或第十七條第五款規定情事之一。
二、漁船不符合第二十四條規定。
三、申請人前所取得之輸歐盟漁獲證明書未依第二十八條規定核銷，或未依第二十九條規定註銷。
四、輸歐盟漁獲證明書所載港內轉載簽署機關非港口國權責機關，或確認該簽署非真實。
五、輸歐盟漁獲證明書所載出口商非申請人。

輸歐盟漁獲證明書核發後，經查有前項不予核發情形之一者，主管機關應予撤銷，並通知歐盟及輸入國主管機關。

申請人應於輸歐盟漁獲證明書核發後二個月內，依規定格式填具申請書，並檢附下列文件，向主管機關辦理核銷：
一、漁獲物或漁產品輸出之通關證明文件影本。
二、申請人與國外買方之交易證明資料。

前項資料非以中文、英文或日文記載者，應附中文或英文翻譯。